Cele mai frecvente efecte secundare ale RMN sunt cele legate de culcarea într-un spațiu mic pentru o perioadă lungă de timp și pot include amețeli, dureri de spate și oboseală. Reacții adverse mai grave pot apărea ca reacție la orice mediu de contrast utilizat pentru RMN. În circumstanțe foarte rare, dacă o bucată de metal se află în corp, aparatul RMN poate forța obiectul să se miște în interiorul corpului, provocând daune grave. Acesta este un efect secundar foarte rar, deoarece există măsuri de precauție stricte pentru a proteja împotriva acestui tip de accident.
În mod obișnuit, oamenii se confruntă cu efecte secundare RMN care par a fi cauzate de efectele imagistică prin rezonanță magnetică, dar sunt de fapt cauzate de starea nemișcată pentru perioade lungi de timp. Amețelile și durerile de spate raportate de unii pacienți sunt aproape sigur cauzate de starea nemișcată pe o suprafață dură timp de o oră sau mai mult. Oboseala după un RMN este adesea cauzată de stresul legat de realizarea imaginilor, care poate fi mai obositor decât este aparent în timpul procedurii. Efectele secundare ale RMN, cum ar fi durerile de cap, sunt adesea legate de zgomotele puternice pe care le aude în timpul unui RMN și sunt mai frecvente pentru persoanele care suferă și de migrene.
Unii oameni se confruntă cu efecte secundare ușoare ale RMN, care seamănă de obicei cu o reacție alergică atunci când se utilizează un mediu de contrast. Reacții adverse IRM foarte grave pot apărea atunci când un pacient are insuficiență renală severă și este expus la un mediu de contrast care conține gadoliniu. Acest efect secundar este o boală numită fibroză sistemică nefrogenă, care este incurabilă și uneori fatală. Este relativ puțin probabil ca cineva să experimenteze acest efect secundar, deoarece insuficiența renală este de obicei identificată înainte de un RMN care implică gadoliniu.
Foarte rar, fierul din organism va provoca efecte secundare dureroase RMN. Obiectele ferromagnetice se pot deplasa cu forță din orice poziție în apropierea unui aparat RMN. Dacă se află în interiorul corpului, pot provoca vătămări majore organelor interne. O persoană cu obturații metalice în dinți poate simți ușoare furnicături, dar accesoriile dentare minore nu sunt de obicei problematice pentru procedură.
Cel mai frecvent efect secundar al unui RMN pare a fi o sensibilitate crescută la posibile probleme de sănătate. Un aparat RMN este o tehnologie stresantă și adesea necunoscută, iar mulți oameni devin foarte îngrijorați de senzații care în mod normal nu ar fi considerate îngrijorătoare. Furnituri sau amețeli percepute care în mod normal trec neobservate sau orice senzație de durere devin o sursă de îngrijorare majoră. Posibilitatea percepută că au existat efecte secundare majore provoacă și simptome de panică. Aceste reacții adverse pot fi evitate discutând cu un medic de încredere și recunoscând că un RMN este o procedură foarte sigură.