Odată ce calafătul siliconic sau etanșantul siliconic s-au întărit, nu există un singur agent de îndepărtare a siliconului care să-l îndepărteze cu ușurință. Dacă siliconul întărit trebuie îndepărtat, tipul de îndepărtare a siliconului care va funcționa cel mai bine depinde de suprafața pe care aderă. Cel mai eficient agent de îndepărtare a siliconului este de obicei un cuțit utilitar, un raclet de vopsea sau o lamă de ras. Răzuirea manuală îndepărtează cea mai mare parte a produselor din silicon, iar cele care nu pot fi îndepărtate cu ușurință pot fi înmuiate cu spirt mineral, alcool izopropilic sau oțet alb și apoi șters sau răzuit.
Produsele din silicon neîntărite care sunt încă moi pot fi deseori șterse cu o cârpă sau răzuite cu o racletă de vopsea. Reziduurile care rămân pot fi apoi curățate cu spirt mineral, alcool izopropilic sau oțet alb. În timp ce băuturile spirtoase minerale au cel mai puternic efect ca agent de îndepărtare a siliconului, pot deteriora suprafețele din plastic sau finisate și nu ar trebui folosite pe acestea.
Când siliconul întărit trebuie îndepărtat de pe o suprafață care este fie sticlă, fie țiglă ceramică, procedura obișnuită este de a răzui cât mai mult posibil cu un cuțit utilitar, o racletă de vopsea sau o lamă de ras; înmuiați materialul rămas cu spirt mineral; și răzuiți sau ștergeți-l. Pentru suprafețele din plastic sau vopsite, alcoolul izopropilic sau oțetul alb trebuie folosit ca înlocuitor de îndepărtare a siliconului. Îndepărtarea siliconului de pe suprafețele aspre precum cărămidă sau stuc este mai dificilă decât îndepărtarea lui de pe o suprafață netedă și, de obicei, necesită spălare cu o perie de sârmă înmuiată în alcool mineral. O perie de sârmă este o unealtă agresivă care poate provoca daune, așa că trebuie avută grijă în utilizarea acesteia.
Îndepărtarea calfătului siliconic sau a materialului de etanșare cu silicon de pe o suprafață de lemn prezintă dificultăți deosebite, mai ales dacă suprafața este vopsită sau finisată. Hârtia șmirghel nu este un agent eficient de îndepărtare a siliconului, deoarece produsele din silicon au tendința de a se întinde sub acțiunea abrazivă a șlefuirii, chiar dacă au fost înmuiate în prealabil, și înfundă hârtia. Ca și în cazul altor suprafețe netede, cel mai eficient mod de a îndepărta siliconul de pe o suprafață de lemn este să tăiați cea mai mare parte a acestuia, având grijă să nu tăiați lemnul sau să-l deteriorați în alt mod. Materialul rămas poate fi înmuiat cu alcool sau oțet și șters sau răzuit. Odată ce suprafața este relativ curată, poate fi șlefuită pentru a o pregăti pentru un nou calafat sau un finisaj de retuș.