Efectele secundare ale vasectomiei sunt rare și reprezintă o mică amenințare, procedura fiind considerată pe scară largă ca o metodă extrem de sigură și de încredere de control al nașterii. Ca și în cazul oricărei proceduri chirurgicale, durerea se numără printre efectele secundare probabile ale vasectomiei, fiind de asemenea posibile inflamația și infecția. Alte reacții adverse potențiale ale vasectomiei, cum ar fi scăderea libidoului sau disfuncția erectilă, sunt posibile, dar sunt mai puțin frecvente și pot fi tratate. Unii bărbați dezvoltă o reacție imună la propria lor spermă, care ar putea avea un impact asupra sănătății lor. Cel mai sever efect secundar al vasectomiei este însă permanența acestuia; spre deosebire de alte metode contraceptive, vasectomia este o măsură pe tot parcursul vieții și nu este ușor de inversat.
Durerea postoperatorie este cel mai probabil efectul secundar care poate fi întâlnit. Locul inciziei va fi dureros în zilele următoare operației. Această durere ar trebui să dispară în decurs de o săptămână, iar analgezicele fără prescripție medicală sunt de obicei suficiente pentru a gestiona durerea.
Infecția și inflamația sunt și posibile efecte secundare ale vasectomiei. Este de așteptat o oarecare roșeață și umflare, dar dacă aceste simptome nu dispar în decurs de o săptămână sau dacă sunt însoțite de febră, ar putea fi necesară îngrijirea medicală. Bărbatul ar putea dezvolta, de asemenea, un granulom, un mic nodul necanceros creat de scurgerea spermei din canalul deferent tăiat, care poate inflama și infecta zona. Dacă se suspectează oricare dintre aceste reacții adverse ale vasectomiei, se recomandă consultarea unui medic.
Reacțiile imune la celulele spermatozoizilor sunt posibile după o vasectomie, unii bărbați producând anticorpi care vizează spermatozoizii. Cercetătorii și-au exprimat îngrijorarea că atacul organismului asupra propriilor celule ar putea duce la alte afecțiuni potențial grave, inclusiv artrita, ateroscleroza, bolile de inimă, diabetul, scleroza multiplă și cancerul. Rezultatele studiilor au fost neconcludente și nu a fost confirmată nicio legătură între aceste afecțiuni și vasectomie.
Unii bărbați raportează o scădere a interesului sexual, iar unii raportează disfuncție erectilă după o vasectomie. O vasectomie nu afectează, totuși, nivelul de producție de testosteron și nici nu afectează sensibilitatea sau orice funcție fizică. Efectele secundare ale vasectomiei legate de apetitul sexual și disfuncția erectilă sunt de obicei de natură emoțională, iar terapia poate fi eficientă în corectarea acestor probleme.
Vasectomiile nu sunt ușor reversibile și ar trebui să fie efectuate numai de bărbați care sunt siguri că nu mai doresc să mai aibă copii. În unele cazuri, s-au încercat inversări, dar procedura nu este de încredere. Unii au ales să depoziteze materialul seminal într-o bancă de spermă doar în cazul în care se răzgândesc, dar aceasta este o opțiune costisitoare.
Deși vasectomiile oferă o contracepție foarte fiabilă, ele nu oferă același grad de protecție oferit de alte metode. Vasectomiile, de exemplu, nu oferă nicio protecție împotriva bolilor cu transmitere sexuală. Candidatul ideal pentru vasectomie este un bărbat monogam care a decis împreună cu partenerul său să nu mai aibă copii.