Factorii care intervin în alegerea unui partener sunt adesea un mister, chiar și pentru cei care fac alegerile. Multe procese subiacente din creier se combină pentru a crea un sentiment de atracție. Cele mai multe dintre ele sunt orientate spre producerea de urmași viabili, cu cele mai bune șanse posibile de supraviețuire. Un factor important în supraviețuire este un sistem imunitar puternic, care provine din sisteme imunitare diferite ale părinților care se combină pentru a crea un sistem de apărare mai cuprinzător. Histocompatibilitatea este măsura cât de asemănătoare sunt genele care guvernează sistemul imunitar între indivizi.
Genele care sunt relevante pentru histocompatibilitate sunt cele care recunosc agenții străini care invadează organismul și declanșează un răspuns imun pentru combaterea lor. Aceste gene formează un haplotip sau un grup de gene concentrat pe o zonă a unui cromozom, numit complex major de histocompatibilitate sau MHC. Uneori genele MHC se recombină, dar, în general, haplotipul este transmis intact de la părinte la urmaș. La om, MHC se mai numește și antigenele leucocitare umane sau HLA.
Genele MHC sunt codominante, astfel încât descendenții exprimă toate genele pe care le moștenesc de ambele părți. Aceasta înseamnă că, dacă părinții au gene MHC diferite, urmașii vor putea recunoaște setul de toate materialele străine pe care mama și tatăl lor le-ar putea recunoaște. Pentru a se asigura că urmașii au cea mai bună apărare posibilă împotriva bolilor, un potențial părinte ar trebui să caute un partener cu un alt MHC.
Sarcina selecției partenerului pe baza structurii genetice a MHC revine femelelor, care sunt, în general, mai discriminatorii în alegerea perechelor. Își folosesc simțul mirosului pentru a găsi perechi care au MHC-uri diferite. Studiile au descoperit că femeile consideră că mirosul tricourilor aparținând bărbaților cu MHC-uri diferite de al lor este mai atractiv. Această metodă de selecție este subconștientă; uneori femeile nu percep un miros, dar totuși simt atracție după ce adulmecă o cămașă.
Tehnologia medicală interferează uneori cu aceste percepții. De exemplu, femeile care iau pilule contraceptive își schimbă nivelul hormonilor. Corpurile lor sunt însărcinate hormonal, iar în această stare dorința de a-și alege perechea este atenuată. Simțul mirosului care i-a ajutat să-și găsească perechi potriviți genetic nu mai funcționează.
În selecția partenerului, având diferite gene MHC pune un concurent în avantaj. Un grad ridicat de histocompatibilitate, sau gene MHC similare, este vital în alte situații. De exemplu, histocompatibilitatea ridicată între donatori și gazde este cheia pentru evitarea respingerii organelor după transplanturi.