O farmacie independentă este deținută și administrată de un singur proprietar sau de un grup de proprietari de întreprinderi mici. Acest tip de farmacie nu este de obicei asociat cu un lanț de retail sau cu o marcă, cu excepția cazului în care este o locație în franciză. Proprietarii și operatorii sunt în afaceri pentru ei înșiși și trebuie să își conceapă propriile strategii de marketing și de servicii pentru clienți. Unele farmacii independente pot aparține unei organizații naționale sau locale care le ajută să asigure prețuri reduse la consumabile și să profite de o rețea de distribuție simplificată.
Diferența principală dintre o farmacie independentă și o locație de farmacie care face parte dintr-un lanț de vânzare cu amănuntul este că un individ sau un grup mic de persoane gestionează afacerea. În loc să primească îndrumări de la un birou corporativ sau un salariu garantat, un farmacist independent își asumă responsabilitățile financiare și manageriale de deținere a afacerii. Este similar cu a deține un magazin alimentar independent, o agenție de asigurări sau un serviciu de îngrijire a câinilor. Pentru a obține profit și a susține operațiunile, farmacistul trebuie de obicei să proiecteze un plan de afaceri care să controleze cheltuielile și să genereze venituri adecvate.
Personalul unei farmacii independente este de obicei angajat și gestionat de proprietar. Adesea, proprietarul va lucra mai mult decât personalul, mai ales în primele etape ale existenței farmaciei. Proprietarii trebuie să decidă cât de mult personal își poate permite afacerea, precum și programarea, rata de plată și pachetul de beneficii pentru angajați. Unii operatori cumpără o afacere existentă de la un alt proprietar, își încep propria locație sau cumpără o locație de franciză cu un nume de marcă stabilit.
Cheltuielile și comanda de aprovizionare sunt de obicei gestionate de proprietarul unei farmacii independente. De exemplu, toate echipamentele necesare, inclusiv casele de marcat și vehiculele de livrare, sunt achiziționate și întreținute de proprietarul afacerii. Unele țări au asociații naționale la care farmaciile independente se pot alătura pentru a le ajuta să negocieze cu companiile de asigurări și furnizorii de medicamente eliberate pe bază de rețetă. Aceste asociații mențin de obicei o rețea de distribuție mare care livrează produsul comandat în locații independente, care poate emula distribuția internă a unei companii mai mari.
Proprietarul unei farmacii independente este, de asemenea, responsabil de dezvoltarea strategiilor de promovare și de servicii pentru clienți. În ceea ce privește serviciile, proprietarul decide de obicei cum se va distinge locația de concurenții lanțului de retail. Un grad mai mare de personalizare este o strategie comună de servicii pentru clienți, deoarece bugetele promoționale pot fi strânse pentru proprietarul unei mici afaceri. Unul dintre principalele beneficii pentru proprietar este capacitatea de a-și executa propriile idei și, eventual, de a-și determina propriul program de lucru.