Microfauna sunt animale mici și organisme unicelulare vizibile doar la microscop. De obicei, ele sunt definite ca fiind creaturi mai mici de 0.1 mm (100 microni) în dimensiune, cu mezofauna ca organisme cu dimensiuni între 0.1 mm și 2 mm, deși definițiile pot varia.
În sol, microfauna poate fi găsită în număr mare – în general câteva mii pe gram. Oricine poate lua un pic de pământ umed, îl poate pune la microscop și poate găsi aceste organisme. Unele dintre cele mai comune și importante exemple sunt protozoarele (eucariote unicelulare), acarienii (printre cele mai diverse și de succes dintre toate animalele), cozile (legate de insecte), nematodele (creaturi transparente asemănătoare viermilor), rotifere (numite pentru roata lor). piese bucale ciliate) și tardigrade, cunoscute și sub denumirea de „urși de apă”, una dintre cele mai rezistente organisme din natură. Microfauna poate fi găsită în întreaga lume, oriunde există sol umed, precum și în alte locuri. Springtails au fost găsite în văile uscate McMurdo din Antarctica, unul dintre cele mai reci și mai uscate locuri de pe Pământ.
Microfauna este însoțită de microfloră, care include alge, bacterii, ciuperci și drojdii, capabile să digere aproape orice substanță organică și unele substanțe anorganice, cum ar fi TNT și cauciucul sintetic.
Animalele mai mari care se găsesc și în sol sunt numite mezofaună, cum ar fi râme, artropode și nematode mari, și macrofauna, care include mamifere grozave, cum ar fi alunițele și iepurii. Microfauna este cea mai puțin înțeleasă din viața solului, datorită dimensiunilor reduse și diversității mari. Mulți sunt membri ai așa-numitelor „criptozoare”, animale care rămân nedescrise de știință. Din cele 10-20 de milioane de specii de animale din lume, doar 1.8 milioane au primit nume științifice, iar multe dintre milioanele rămase aparțin probabil acestui grup, multe dintre ele la tropice.
Microfauna trăiește în pori mici între boabele de sol și multe sunt acvatice. Unele sunt sesile, adică se atașează de un substrat toată viața și nu se mișcă niciodată. Aceste animale își fecundează perechea prin eliberarea spermatozoizilor ciliați, în timp ce ei înșiși rămân pe loc. Ele pot fi găsite și pe corpul uman, iar locuința umană medie are mii de acarieni care își câștigă existența digerând celulele moarte ale pielii.