Το πεπτικό σύστημα και η ομοιόσταση του ανθρώπινου σώματος είναι άρρηκτα συνδεδεμένες επειδή οι άνθρωποι είναι ετεροτροπικοί κατάποροι, πράγμα που σημαίνει ότι το σώμα απαιτείται να έχει έναν μηχανισμό με τον οποίο να αφομοιώνει μια εξωτερική πηγή τροφής. Προκειμένου το πεπτικό σύστημα και η ρύθμιση της ομοιόστασης να είναι επιτυχημένα, τα βασικά θρεπτικά συστατικά των τροφίμων που τρώγονται πρέπει να τελειοποιηθούν και να χειριστούν και η «φθορά» της δομής του πεπτικού συστήματος πρέπει να επισκευαστεί και να αναπληρωθεί όταν χρειάζεται. Επιπλέον, κάθε σύστημα σώματος εξαρτάται από τη διάσπαση και αφομοίωση των θρεπτικών συστατικών για την επισκευή, την κατασκευή και τη συντήρηση των ιστών. Μια πληθώρα χημικών, μηχανικών και ενζυματικών διεργασιών είναι υπεύθυνες για την ομοιόσταση του πεπτικού συστήματος.
Η πέψη πραγματοποιείται από το σώμα καθώς τα τρόφιμα κινούνται μέσα στο σώμα σε ένα σύστημα οργάνων που μοιάζουν με μεταφορέα που διασπούν το φαγητό σε αποδεκτό καύσιμο για τα κύτταρα του σώματος. Η διαδικασία ξεκινά στο στόμα όταν τα ένζυμα εισάγονται για πρώτη φορά μέσω του σάλιου. Μια από τις πιο ευοίωνες συνδέσεις μεταξύ του πεπτικού συστήματος και της ομοιόστασης είναι η διατήρηση του δυναμικού της ισορροπίας υδρογόνου (pH) στην πεπτική οδό. Η ομοιόσταση στο πεπτικό σύστημα επιτυγχάνεται με την ικανότητα του σώματος να αλλάζει δραματικά το pH από το σάλιο, το οποίο είναι ελαφρώς όξινο, σε ένα ιδιαίτερα όξινο γαστρικό περιβάλλον που διασπά τα τρόφιμα γρήγορα και προστατεύει το σώμα από βακτήρια και άλλα παθογόνα. Ακόμα πιο δραματική είναι η αλλαγή του pH σε ένα σημαντικά βασικό περιβάλλον στο λεπτό έντερο, η οποία απαιτείται για τη σωστή λειτουργία των ενζύμων που σχετίζονται με το έντερο.
Μια άλλη σχετική σχέση μεταξύ του πεπτικού συστήματος και της ομοιόστασης στο σώμα είναι η διατήρηση μιας φιλόξενης ατμόσφαιρας για χρήσιμα βακτήρια. Η ρύθμιση του pH σε συνδυασμό με άλλους παράγοντες, όπως η διατήρηση μιας ισορροπημένης αναλογίας ενζύμων, επιτρέπει στην ευεργετική χλωρίδα του εντέρου όπως το acidophilus και το bifidobacterium να βοηθήσουν το σώμα να καταπολεμήσει τις λιγότερο επιθυμητές αποικίες βακτηρίων που θα μπορούσαν να προκαλέσουν δυνητικά απειλητικές για τη ζωή λοιμώξεις και ασθένειες. Τα βοηθητικά βακτήρια έχουν την ικανότητα να διασπούν ορισμένες καρκινογόνες ουσίες και μεταβολίτες φαρμάκων που έχουν αποδειχθεί ότι προκαλούν καρκίνο, μια ασθένεια που διαδίδεται από τη σοβαρή υποβάθμιση της συνολικής ομοιοστατικής κατάστασης στο σώμα. Τα βοηθητικά βακτήρια παράγουν επίσης βιταμίνη Κ και άλλες διάφορες βιολογικές ουσίες που το σώμα δεν είναι ικανό να παράγει από μόνο του.
Η σωστή ισορροπία ενζύμων, βακτηρίων και pH θεωρείται από τους περισσότερους επαγγελματίες υγείας ως η βασική σύνδεση μεταξύ του πεπτικού συστήματος και της ομοιόστασης. Οι ασθενείς που κάνουν επιλογές τρόπου ζωής που προωθούν αυτές τις καταστάσεις είναι πιο πιθανό να διατηρήσουν ένα υγιές σωματικό βάρος και να τρέφονται καλά. Είναι λιγότερο πιθανό να υποφέρουν από σοβαρές ασθένειες, όπως ο καρκίνος και ο διαβήτης, επίσης.