Τα σηπτικά συστήματα που χρησιμοποιούνται για την επεξεργασία οικιακών και άλλων λυμάτων συνήθως χρησιμοποιούν βακτήρια για να βοηθήσουν στην επεξεργασία των απορριμμάτων σε ένα τελικό προϊόν προς διάθεση που ονομάζεται λύματα. Τα αναερόβια συστήματα περιλαμβάνουν βακτήρια που δεν χρειάζονται οξυγόνο για την επεξεργασία των απορριμμάτων. Ωστόσο, απαιτείται οξυγόνο σε ένα αερόβιο σύστημα. Συνήθως πρέπει να αντλείται στο σύστημα για να διασφαλιστεί ότι τα βακτήρια είναι σε θέση να επεξεργαστούν τα απόβλητα. Τα αερόβια συστήματα έχουν ορισμένα μειονεκτήματα σε σύγκριση με τα αναερόβια συστήματα, αλλά είναι πιο κατάλληλα για χρήση υπό ορισμένες συνθήκες.
Σε ένα αερόβιο σύστημα, τα βακτήρια χρησιμοποιούνται για την προεπεξεργασία των λυμάτων για ασφαλή διάθεση. Τέτοια βακτήρια χρησιμοποιούν το οξυγόνο και τα απόβλητα που αντλούνται σε μια δεξαμενή αποθήκευσης ως πηγές ενέργειας για την επιβίωση και την ανάπτυξή τους. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα την αποσύνθεση των αποβλήτων και τη μείωση της συγκέντρωσης επιβλαβών μικροοργανισμών στο τελικό υγρό απόβλητο προϊόν. Υπάρχουν τρεις βασικοί τύποι συστημάτων αερόβιας επεξεργασίας (ATS): ένα σύστημα αναστολής ανάπτυξης, ένας αντιδραστήρας παρτίδας αλληλουχίας και ένας αντιδραστήρας σταθερής μεμβράνης.
Τα βακτήρια επιπλέουν σε όλη την κύρια δεξαμενή σε ένα σύστημα αναρτημένης ανάπτυξης. Ο αέρας αντλείται σε όλα τα υγρά απόβλητα. Τα επεξεργασμένα στερεά απόβλητα κατακάθονται σε μια δευτερεύουσα δεξαμενή και τα βακτήρια ανακυκλώνονται πίσω στην κύρια δεξαμενή. Τα επεξεργασμένα υγρά απόβλητα στη συνέχεια διοχετεύονται έξω από το ATS. Η διατήρηση της σωστής ισορροπίας των αποβλήτων, των λυμάτων και των βακτηρίων είναι σημαντική για την πρόληψη της απόφραξης ενός συστήματος αιωρούμενης ανάπτυξης.
Ένας αντιδραστήρας παρτίδας αλληλουχίας είναι παρόμοιος με ένα σύστημα αιωρούμενης ανάπτυξης καθώς τα βακτήρια επιπλέουν ελεύθερα σε όλη τη δεξαμενή. Ωστόσο, η αποσύνθεση και η καθίζηση γίνονται σε μία μόνο δεξαμενή. Ο αέρας παρέχεται σε αυτή τη μεμονωμένη δεξαμενή μόνο κατά τη φάση της αποσύνθεσης. Απενεργοποιείται κατά τη φάση καθίζησης για να επιτραπεί στα στερεά να καθιζάνουν στον πυθμένα της δεξαμενής. Στη συνέχεια, τα απόβλητα αντλούνται από τη δεξαμενή, ολοκληρώνοντας έτσι τον κύκλο.
Ενώ τα βακτήρια επιπλέουν ελεύθερα σε αυτούς τους δύο τύπους συστημάτων, τα βακτήρια σε έναν αντιδραστήρα σταθερής μεμβράνης συνδέονται σε μια συγκεκριμένη επιφάνεια. Η αποσύνθεση γίνεται σε μια δεξαμενή και η καθίζηση σε μια δεύτερη δεξαμενή. Ο αέρας παρέχεται μόνο στην περιοχή της δεξαμενής αποσύνθεσης με την επιφάνεια στην οποία είναι προσκολλημένα τα βακτήρια. Η επανακυκλοφορία των βακτηρίων πίσω στη δεξαμενή αποσύνθεσης είναι περιττή επειδή τα βακτήρια παραμένουν πάντα προσκολλημένα στην επιφάνεια στην οποία αναπτύσσονται.
Ένα αερόβιο σύστημα οποιουδήποτε από αυτούς τους τύπους είναι συνήθως πιο ακριβό από ένα παραδοσιακό αναερόβιο σύστημα τόσο ως προς το αρχικό κόστος όσο και ως προς τη συντήρηση. Τέτοια συστήματα έχουν συνήθως σχέδια που είναι πιο περίπλοκα και περιλαμβάνουν περισσότερα κινούμενα μέρη από τα παραδοσιακά συστήματα. Απαιτούν ηλεκτρική ενέργεια για το σύστημα που κυκλοφορεί τον αέρα κατά τη φάση της αποσύνθεσης, επομένως συνεπάγονται και συνεχές λειτουργικό κόστος.
Παρά το υψηλότερο κόστος που σχετίζεται με ένα τέτοιο σύστημα, ένα αερόβιο σύστημα μπορεί να είναι η καταλληλότερη ή ίσως και η μόνη επιλογή υπό ορισμένες συνθήκες. Η παραγωγή λυμάτων υψηλότερης ποιότητας καθιστά ένα τέτοιο σύστημα κατάλληλο για ευαίσθητες περιβαλλοντικές περιοχές. Οι περιορισμοί χώρου μπορεί επίσης να απαιτήσουν ένα αερόβιο σύστημα όπου δεν θα ήταν δυνατό ένα μεγάλο πεδίο αποστράγγισης.
Ορισμένες τοποθεσίες δεν επιτρέπουν τη χρήση αερόβιου συστήματος λόγω κυβερνητικών κωδίκων και κανονισμών. Άλλοι επιτρέπουν τη χρήση αερόβιου συστήματος, αλλά απαιτούν από τον ιδιοκτήτη να έχει συμβόλαιο με έναν επαγγελματία για να εξασφαλίσει τη σωστή συντήρηση του συστήματος. Ενδέχεται να απαιτούνται συναγερμοί σε ορισμένες περιοχές για να ειδοποιηθεί ο ιδιοκτήτης σε περίπτωση δυσλειτουργίας του συστήματος. Οι κώδικες και οι κανονισμοί για την εγκατάσταση και τη συντήρηση ενός αερόβιου συστήματος συνήθως διαχειρίζονται από κρατικούς ή τοπικούς φορείς, όπως το τμήμα υγείας.