Στον κόσμο της κτηνιατρικής, τα βασικά εμβόλια είναι εμβόλια που συνιστώνται ανεπιφύλακτα, και μερικές φορές ακόμη και απαιτούνται. Τα πρωτόκολλα εμβολίων για ένα ευρύ φάσμα ζώων, συμπεριλαμβανομένων σκύλων, γατών και αλόγων, χωρίζονται συνήθως σε εμβόλια βασικού και μη πυρήνα, έτσι ώστε οι κτηνίατροι να μπορούν να εξασφαλίσουν ότι οι ασθενείς τους λαμβάνουν τα εμβόλια που χρειάζονται. Για τους ιδιοκτήτες κατοικίδιων ζώων, είναι χρήσιμο να γνωρίζουν συγκεκριμένα ότι ένα προτεινόμενο εμβόλιο είναι ένα βασικό εμβόλιο, καθώς αυτό θα τονίσει τη σημασία της λήψης του εμβολίου, μαζί με ενισχυτικά παρακολούθησης.
Σε γάτες και σκύλους, η λύσσα είναι πιθανώς το πιο συνηθισμένο βασικό εμβόλιο, επειδή η λύσσα θεωρείται σοβαρός κίνδυνος. Στις γάτες, ο ιός της λευχαιμίας της γάτας (FeLV) είναι ένα άλλο κοινό εμβόλιο πυρήνα, ειδικά για γάτες που πηγαίνουν σε εξωτερικούς χώρους. Άλλα βασικά εμβόλια μπορεί να προστεθούν στο πρόγραμμα εμβολίων, ανάλογα με το πού ζει το ζώο. Στα άλογα, ασθένειες όπως η ασθένεια του ύπνου, ο ιός του δυτικού Νείλου και ο τέτανος περιλαμβάνονται συνήθως στους καταλόγους των βασικών εμβολίων.
Αντίθετα, τα μη βασικά εμβόλια συνιστώνται απλά και μπορεί να μην είναι απαραίτητα σε όλες τις περιπτώσεις. Συνήθως οι κτηνίατροι χρησιμοποιούν τις περιφερειακές οδηγίες που έχουν εκδοθεί από μια επαγγελματική ένωση για να αποφασίσουν ποια εμβόλια θα χορηγήσουν και μπορούν να συζητήσουν τις μη βασικές επιλογές με τους πελάτες τους. Για παράδειγμα, εάν ένα ζώο επιβιβάζεται πολύ, είναι σκόπιμο να πάρει ένα μη βασικό εμβόλιο για τη βορδετέλα, γνωστό και ως βήχας ρείθρων, αλλά αν ένα ζώο μένει σε εσωτερικούς χώρους και δεν μπαίνει ποτέ, δεν θα ήταν απαραίτητο εμβόλιο μπορντετέλας.
Ορισμένες περιοχές του κόσμου απαιτούν συγκεκριμένα τα ζώα να λαμβάνουν ορισμένα βασικά εμβόλια. Το πιο συνηθισμένο απαιτούμενο εμβόλιο είναι η λύσσα, λόγω της επιθυμίας ελέγχου της συχνότητας της λύσσας παγκοσμίως. Σε χώρες όπου δεν υπάρχει λύσσα, όπως η Μεγάλη Βρετανία, όλα τα ζώα που εισέρχονται στη χώρα πρέπει να έχουν έγγραφα που να υποδεικνύουν ότι έχουν λάβει το εμβόλιο κατά της λύσσας και να έχουν δοκιμαστεί για να επιβεβαιωθεί η παρουσία αντισωμάτων. Όταν συζητάτε τις επιλογές εμβολιασμού, ένας κτηνίατρος συνήθως θα βεβαιωθεί ότι οι ιδιοκτήτες γνωρίζουν ποια βασικά εμβόλια απαιτούνται και ποια απλώς συνιστώνται ανεπιφύλακτα.
Κατά την αξιολόγηση των βασικών εμβολίων που πρέπει να συμπεριληφθούν στο πρόγραμμα εμβολίων, οι υπάλληλοι πραγματοποιούν συνήθως ανάλυση κόστους-οφέλους για να καθορίσουν εάν το όφελος των εμβολίων υπερτερεί του κινδύνου εμβολιασμού. Ενώ τα εμβόλια γίνονται συνεχώς ασφαλέστερα, ενέχουν ορισμένους κινδύνους για την υγεία, και αυτή η ανάλυση έχει σχεδιαστεί για να το λάβει αυτό υπόψη. Οι ιδιοκτήτες κατοικίδιων ζώων θα πρέπει πάντα να αναφέρουν ανεπιθύμητες αντιδράσεις στα εμβόλια όσο το δυνατόν γρηγορότερα, τόσο για στατιστικούς λόγους όσο και για να δώσουν στις εταιρείες χρόνο να ανακαλέσουν τα εμβόλια, εάν διαπιστώσουν ότι πολλά έχουν παραβιαστεί.