Un program de cercetare coordonează mai multe proiecte care au un obiectiv comun de cercetare. Astfel de programe sunt în mod obișnuit direcționate și finanțate de organizații mari, cum ar fi universități, corporații, ONG-uri și guverne. În funcție de nevoile și interesele unei organizații, programele de cercetare variază foarte mult atât în ceea ce privește structurile, cât și obiectivele lor.
Managerii de programe de cercetare lucrează în primul rând pentru a coordona și a supraveghea toate proiectele implicate și pentru a se asigura că acestea rămân în sarcină. Proiectele sponsorizate vor avea, de obicei, proprii manageri imediati. Această persoană este de obicei responsabilă pentru proiectarea și realizarea unui anumit proiect.
În multe cazuri, relația dintre un program de cercetare și un proiect de cercetare poate fi asemănată cu cea dintre un francizor și un francizat. Francizorul oferă un set stabilit de linii directoare și un sistem de asistență în timp ce francizatul lucrează practic pentru a-și dezvolta propria afacere. Ca și în cadrul unui sistem de franciză, succesul general al unui program de cercetare depinde de cel al constituenților săi mai mici. Liderii de proiect pot interacționa între ei atunci când funcționarea cu succes a oricărui proiect este condiționată de altul sau își pot desfășura activitățile mai independent. În ambele cazuri, toate proiectele sunt responsabile față de programul de supraveghere și de obiectivele acestuia.
Diferite tipuri de organizații au scopuri diferite atunci când dezvoltă noi programe de cercetare. O companie cu scop profit ar putea lansa un program de cercetare pentru a afla mai multe despre piața sa, concurența și oportunitățile de dezvoltare a produselor sau serviciilor. Aceste programe de cercetare sunt concepute pentru a descoperi cerințele pieței, pentru a găsi modalități de a satisface mai bine aceste cerințe și, în general, pentru a deveni mai competitive. Programele de cercetare corporativă sunt, de asemenea, înființate frecvent pentru a examina cheltuielile și costurile, pentru a încorpora noi tehnologii și instrumente organizaționale și pentru a se pregăti pentru o operațiune mare, cum ar fi un proiect de inginerie. O companie poate dezvolta, de asemenea, programe de cercetare menite să susțină obiectivele sociale – acestea s-ar putea concentra pe ajutarea comunității din jur sau a propriilor angajați ai companiei.
Programele de cercetare orientate social sunt, de asemenea, inițiate de obicei din partea ONG-urilor și guvernelor. Acestea pot avea ca scop dezvoltarea economică sau politică, îmbunătățirea serviciilor precum educația sau îngrijirea sănătății, promovarea antreprenoriatului în rândul cetățenilor, protejarea mediului, integrarea noilor veniți într-o societate sau orice număr de obiective pe care organizația și le-a stabilit. De asemenea, guvernele finanțează frecvent programe de cercetare care promovează creșterea în anumite industrii. O universitate se poate concentra uneori pe cercetare de dragul ei, adică de dragul dezvoltării cunoștințelor umane. Finanțarea interorganizațională și cooperarea în proiecte de cercetare pot avea loc și acolo unde interesele se suprapun.