Chakrele sunt puncte din și pe corpul uman care au fost în mod tradițional asociate cu diferite aspecte ale energiei și forțelor vieții. Fiecare dintre cele șapte chakre este considerată ca fiind legată de o anumită culoare și, la rândul lor, anumite tipuri de pietre prețioase chakre care sunt determinate de culoarea punctului focal. Se crede că aplicarea pietrelor prețioase în părțile corespunzătoare ale corpului ajută la alinierea chakrelor individului cu lumea exterioară; deoarece aceste alegeri de pietre prețioase se bazează în mare parte pe culoare, o mare varietate sunt acceptate ca fiind exacte.
Chakra rădăcină este asociată cu coloana vertebrală și zona din jurul spatelui inferior și este reprezentată de roșu. Prin urmare, toate pietrele prețioase ale chakrelor asociate cu acest punct focal sunt roșii. Unele dintre cele mai frecvent întâlnite sunt rubinul, jaspul roșu și granatul, deși se pot folosi și pietre roz, cum ar fi rodocrosit și cuarț roz. Deasupra acesteia se află chakra asociată cu portocaliu și cu organele reproducătoare și măruntaiele. Carnelian, opal de foc, chihlimbar și cuarț mandarină sunt toate asociate cu această chakră sacră.
Situată la plexul solar se află a treia chakră, manipura. Pietrele prețioase ale chakrei galbene, cum ar fi topaz, citrin și chihlimbar, sunt folosite pentru vindecarea afecțiunilor centrate pe această chakră. Situată chiar deasupra acesteia pe corp, chakra inimii sau anahata, este probabil asociată în mod surprinzător cu verdele. Există o serie de pietre verzi folosite împreună cu chakra inimii, inclusiv smarald, malachit, jad, cuarț verde și crisoprază. Chakra gâtului este albastră, iar pietrele precum lapislazuli și safire sunt utilizate în mod obișnuit împreună cu aceasta.
Chakra al treilea ochi, situată pe frunte, este indigo și este asociată în mod obișnuit cu safire, azurit și ametist. Chakra finală, coroana, este considerată a fi strâns legată de culoarea violet. Pietrele sunt similare cu cele folosite cu chakra al treilea ochi, deși nuanța pietrelor prețioase ale chakrei este importantă. Pietrele violet mai închise, cum ar fi obsidianul, sunt o reflectare a tristeții, în timp ce pietrele violet pal, cum ar fi ametistul, pot reprezenta dragostea individului pentru semenii săi.
Diferitele pietre prețioase ale chakrelor sunt folosite în scopuri diferite. Pietrele indigo asociate cu chakra al treilea ochi pot fi folosite pentru a crește profunzimea meditației, în timp ce utilizarea pietrelor galbene de pe plexul solar este considerată pentru a ajuta o persoană să organizeze gândurile și să concentreze mintea. Deoarece culoarea pietrei este cea mai importantă, alegerea pietrelor poate fi adaptată nevoilor și gusturilor individului.