Metoda pușcă este folosită pentru a secvenționa fire lungi ale unei molecule de acid dezoxiribonucleic (ADN). Se bazează pe o altă metodă de secvențiere a ADN-ului numită metoda de terminare a lanțului. Cu metoda puștii, oamenii de știință secvenționează părți ale catenei de ADN și folosesc rezultatele pentru a crea o secvență continuă.
Secvențierea este procesul de găsire a compoziției atomice a unei molecule și de investigare a legăturilor chimice care unesc acești atomi. În ADN, secvențierea este folosită pentru a găsi ordinea în care apar anumite molecule. Aceste molecule se numesc nucleotide. Cele patru baze nucleotidice sunt adenina, guanina, citozina si timina.
O modalitate de secvențiere a catenelor lungi de ADN este utilizarea metodei pușcă. În această metodă, ADN-ul este divizat în fragmente aleatorii. Segmentele rezultate sunt apoi secvențiate folosind o metodă numită metoda de terminare a lanțului. Terminarea lanțului este metoda de alegere pentru secvențele scurte de ADN. Folosește puține substanțe chimice dure și cantități mai mici de radioactivitate decât alte metode cu secvență scurtă.
În metoda de terminare a lanțului, o catenă de ADN este împărțită în patru reacții de secvențiere. Fiecare conține toate cele patru nucleotide și o enzimă care acționează ca un catalizator, numită ADN polimerază. O dideoxinucleotidă, care este practic o parte lipsă de nucleotidă din secvența sa de zahăr, este apoi adăugată la fiecare reacție de secvențiere. După procesarea acestor reacții, oamenii de știință sunt capabili să le imagineze și să citească secvența ADN.
În timpul metodei pușcă de secvențiere a ADN-ului, toate acestea se întâmplă de mai multe ori folosind diferite fragmente aleatorii de ADN. Acest lucru are ca rezultat mai multe secțiuni suprapuse de ADN secvențial. Un program de calculator folosește apoi secțiunile suprapuse pentru a crea o secvență continuă de ADN.
Problema cu metoda puștii este că ADN-ul este incredibil de complex. Adesea, conține secvențe repetitive care arată la fel, dar formează părți diferite ale ADN-ului. Setul complet de ADN uman, numit genomul uman, are peste trei miliarde de perechi de baze. Singura modalitate de a fi sigur că plasarea secvențelor repetitive este corectă este să faceți mai multe citiri aleatorii, astfel încât fiecare parte să fie secvențiată de mai multe ori. Chiar și așa, apar erori.
Metoda pușcă de secvențiere a fost marginea de vârf în secvențierea ADN-ului până în aproximativ 2005. De atunci, oamenii de știință au creat secvențierea de generație următoare, care funcționează mult mai rapid. Precizia citirilor individuale este mai mică decât în cazul secvențierii puștilor, dar oamenii de știință sunt compensați pentru acest lucru, fiind capabili să facă mai multe citiri în mai puțin timp.