În sistemul digestiv, există multe enzime diferite care descompun moleculele alimentare. Fiecare dintre aceste enzime are un rol diferit și unele acționează doar într-un anumit organ în condiții specifice. Cea mai mare parte a digestiei are loc în intestinul subțire de un număr mare de enzime diferite. Digestia proteinelor este un exemplu de proces complex care este efectuat în diferite organe de diferite grupuri de enzime. Exopeptidazele sunt un grup de enzime implicate în digestia completă a proteinelor.
Digestia unei molecule de proteine este foarte specifică, deoarece enzimele implicate rupe doar legăturile de lângă anumiți aminoacizi găsiți în lanțul peptidic. Când se formează o legătură peptidică, aceasta se află întotdeauna între capătul amino al unui aminoacid și capătul carboxil al altuia. Când secvența de aminoacizi este dată pentru o anumită catenă peptidică sau proteină, aceasta este de obicei citită de la capătul amino, N-terminal, până la ultimul aminoacid, care are un carboxil liber, sau C-terminal. Inițial, deși proteina este descompusă, sunt produși foarte puțini aminoacizi.
Proteinele sunt molecule mari, iar digestia lor are o serie de etape, începând în stomac de pepsină, una dintre cele trei endopeptidaze. Odată ce proteinele parțial digerate se deplasează din stomac în intestinul subțire, celelalte două endopeptidaze, tripsina și chimotripsina, continuă să descompună proteinele. Aceste trei enzime împart firele lungi de peptide care alcătuiesc proteina în lungimi diferite. Endopeptidazele sunt numite astfel, deoarece descompun legăturile peptidice găsite în proteină.
Pentru a finaliza procesul digestiv pentru a produce un singur aminoacizi dintr-un lanț proteic, este necesară o exopeptidază. Fiecare exopeptidază rupe legătura dintre capătul aminoacidului și restul lanțului. Există mai multe exopeptidaze diferite, fiecare dintre ele având un mod de acțiune foarte specific. Acolo unde aminoacidul este unit cu restul lanțului peptidic și care aminoacizi sunt uniți, joacă un rol în determinarea exopeptidază care va rupe legătura.
Carboxipeptidaza este o exopeptidază care rupe legătura dintre penitenciarul și ultimul aminoacid de la capătul C-terminal. O altă exopeptidază, aminopeptidaza, desfășoară aceeași acțiune, dar la capătul N-terminal. Alte exopeptidaze, numite dipeptidaze, despart anumite perechi de aminoacizi. De exemplu, o dipeptidază va rupe numai legătura dintre o glicină legată de o leucină. O altă dipeptidază va acționa doar asupra unei legături peptidice între doi aminoacizi glicină legați împreună.