Być może najlepszym sposobem na odkażenie spa jest opróżnianie go po każdym użyciu, ale zazwyczaj nie jest to możliwe ani przyjazne dla środowiska. Bakterie z kąpiących się mogą rozwijać się w wannie, więc konieczne będzie użycie środka dezynfekującego spa, aby zabić potencjalnie szkodliwe bakterie i zapewnić prawidłowe działanie sprzętu spa. Chlor jest prawdopodobnie najczęściej używanym środkiem do dezynfekcji spa i chociaż skutecznie zabija bakterie, może działać drażniąco na skórę i oczy. Dostępne są również inne opcje, takie jak brom, a brom nie działa tak żrąco na skórę jak chlor.
Chlor jako środek dezynfekujący do spa jest dość niedrogi i można go łatwo i szybko dodać do spa. Zabije większość bakterii w wannie, a nawet może pomóc w pewnym stopniu oczyścić mętną wodę. Jednak każdy, kto kąpał się w wannie z hydromasażem lub basenie, rozpozna charakterystyczny zapach chloru. Zapach tego środka do dezynfekcji spa może być przytłaczający i nieprzyjemny, a chlor prawdopodobnie wysusza skórę kąpiących się, prowadząc do swędzenia, a nawet zaczerwienienia. Chlor może również powodować pieczenie w oczach, dlatego wielu kąpiących się stara się unikać chloru, gdy tylko jest to możliwe.
Brom jest dobrą alternatywą dla chloru jako środek dezynfekujący do spa. Jest również dość niedrogi i łatwy do dodania do wody w spa, aw przeciwieństwie do chloru, brom pozostaje aktywny w wodzie przez znacznie dłuższy czas. Chociaż brom może mieć zapach, zwykle nie jest tak przytłaczający jak zapach chloru. Być może największą wadą bromu jest jego tendencja do obniżania pH wody. Oznacza to, że właściciel spa lub osoba konserwująca urządzenie będzie musiała poświęcić więcej czasu na monitorowanie wody w spa i dostosowywanie poziomu pH, aby było ono bezpieczne i wygodne.
Oczyszczacze mineralne to stosunkowo nowe opcje dezynfekcji spa i są mniej żrące dla skóry, nie wspominając o wyjątkowo długotrwałym działaniu. Tego typu środki dezynfekujące zwykle występują w formie sztyftów i są umieszczane w filtrach spa. Jedną z największych wad tego typu środków do dezynfekcji spa jest koszt: mineralne oczyszczacze są prawdopodobnie znacznie droższe niż chlor i brom. Chociaż mogą być skuteczne w zabijaniu bakterii, są one bardziej podatne na przezwyciężenie niż chlor i brom, co oznacza, że woda może nie być tak niezawodnie czysta.