Oprogramowanie antywirusowe dla serwerów działa w podobny sposób jak oprogramowanie antywirusowe dla pojedynczych komputerów. Typy ochrony przed wirusami dla serwerów obejmują skanowanie w czasie rzeczywistym, pakiety antyszpiegowskie i złośliwego oprogramowania oraz programy do pełnego skanowania i usuwania plików. Niektóre programy antywirusowe działają na określonych typach serwerów, takich jak serwery SQL i proxy. Większość programów antywirusowych dla serwerów aktywnie monitoruje ruch internetowy i transmisję plików.
Ważnym rodzajem oprogramowania antywirusowego dla serwerów jest skanowanie w czasie rzeczywistym. Ten typ oprogramowania może być funkcją w kompletnym pakiecie ochrony antywirusowej lub samodzielną aplikacją. Oprogramowanie do skanowania w czasie rzeczywistym aktywnie sprawdza wszystkie pliki i komunikację przesyłaną przez porty komunikacji internetowej i intranetowej. Jeśli aplikacja wykryje zagrożenie lub podejrzany adres protokołu internetowego (IP), blokuje go lub poddaje kwarantannie.
Ustawienia programu antywirusowego do skanowania w czasie rzeczywistym można skonfigurować zgodnie z potrzebami organizacji. Administratorzy sieci zazwyczaj odpowiadają za określenie, jakie typy programów antywirusowych są potrzebne. Administrator może dostosować aplikację do skanowania, aby wyszukiwać określone typy plików i adresy IP. Większość aplikacji skanujących przechowywanych na serwerze jest w stanie zbadać cały ruch na poszczególnych komputerach podłączonych do sieci lokalnej lub rozległej.
Popularnym i niezbędnym rodzajem oprogramowania antywirusowego dla serwerów jest aplikacja, która wyszukuje programy antywirusowe we wszystkich przechowywanych plikach. Zawarta w większości tych pakietów oprogramowania, taka aplikacja rutynowo sprawdza już istniejące pliki. Administratorzy sieci mogą ustawić określone godziny i dni uruchamiania aplikacji, co spowoduje również usunięcie zainfekowanych programów z istniejących plików. Program zazwyczaj dostarcza pewnego rodzaju powiadomienie dla administratora, który może potrzebować usunąć zainfekowane pliki, aby całkowicie usunąć wirusa.
Innym rodzajem oprogramowania antywirusowego dla serwerów są aplikacje do skanowania proaktywnego. Tego typu aplikacje skanują serwery w poszukiwaniu potencjalnych luk, które mogą uczynić je podatnymi na włamania. Oprócz szukania potencjalnych luk w zabezpieczeniach, aplikacje te mogą dostarczać odpowiednie poprawki, które mogą wzmocnić ochronę serwera przed niechcianymi atakami.
Oprogramowanie antywirusowe dla serwerów może być dostosowane do rodzaju używanego serwera. Różne programy serwerowe stwarzają różne problemy ze zgodnością i bezpieczeństwem. Na przykład program antywirusowy może wpływać na szybkość serwera. Serwery SQL lub ustrukturyzowane języki zapytań mogą być bardziej zagrożone, jeśli są używane w publicznej sieci lokalnej lub obsługują zarówno ruch e-mail, jak i ruch internetowy. Z tego powodu bardziej odpowiednie mogą być pakiety oprogramowania antywirusowego, które zapewniają ochronę przed wieloma drogami włamań.