Η χρήση στοματικού διαλύματος για βακτήρια είναι γενικά πολύ αποτελεσματική, αλλά ορισμένοι τύποι στοματικού διαλύματος έχουν λιγότερο αποτέλεσμα από άλλους. Σε γενικές γραμμές, κάθε στοματικό διάλυμα που χαρακτηρίζεται ως «αντισηπτικό» μπορεί να σκοτώσει βακτήρια, αλλά η ποσότητα των βακτηρίων που μπορεί να σκοτώσει εξαρτάται από τη συγκέντρωση του δραστικού συστατικού. Ορισμένα στοματικά διαλύματα είναι άχρηστα για να σκοτώνουν βακτήρια και αντί αυτού χρησιμοποιούν έλαιο μέντας για να εξουδετερώσουν την κακή αναπνοή που σχετίζεται με την ανάπτυξη βακτηρίων στο στόμα. Τα αποτελεσματικά συστατικά στο στοματικό διάλυμα για τα βακτήρια περιλαμβάνουν το αλκοόλ, το φθοριούχο νάτριο και το υπεροξείδιο του υδρογόνου. Παρόλο που το αλκοόλ θεωρείται συνήθως ως αποτελεσματικός δολοφόνος βακτηρίων, στεγνώνει επίσης το στόμα, γεγονός που μπορεί να επιδεινώσει το πρόβλημα.
Το πιο σημαντικό πράγμα που πρέπει να προσέχουν οι αγοραστές όταν αγοράζουν στοματικό διάλυμα είναι η συμπερίληψη της λέξης «αντισηπτικό» στην ετικέτα. Ως αντισηπτικό ορίζεται το ότι είναι σε θέση να κάνει την περιοχή ελεύθερη από βακτήρια ή μικροοργανισμούς. Ορισμένα στοματικά διαλύματα καλύπτουν μόνο τη μυρωδιά της κακής αναπνοής χρησιμοποιώντας κάτι σαν λάδι μέντας. Αυτά τα στοματικά διαλύματα πρέπει να αποφεύγονται από άτομα που υποφέρουν από κακή αναπνοή επειδή δεν καταπολεμούν τα βακτήρια, παρά τη μυρωδιά. Τα περισσότερα στοματικά διαλύματα θα έχουν κάποιο αντισηπτικό αποτέλεσμα, αλλά η ακριβής μέθοδος που χρησιμοποιούν για να δημιουργήσουν αυτό το αποτέλεσμα μπορεί να βοηθήσει στον προσδιορισμό του ποιο είναι πιο αποτελεσματικό συνολικά.
Το αλκοόλ είναι συνηθισμένο στο στοματικό διάλυμα λόγω των ιδιοτήτων καταπολέμησης των βακτηρίων. Από τεχνική άποψη, μια συγκέντρωση αλκοόλ 70 % είναι η πιο αποτελεσματική στην καταπολέμηση των βακτηρίων, αλλά τέτοια υψηλά επίπεδα αλκοόλ στο στοματικό διάλυμα μπορεί να προκαλέσουν προβλήματα. Εκτός από τη δυνατότητα των παιδιών να πίνουν στοματικό διάλυμα για την περιεκτικότητα σε αλκοόλ, το αλκοόλ είναι επίσης γνωστό ότι στεγνώνει το στόμα. Τα άτομα με ξηροστομία υποφέρουν επίσης από κακή αναπνοή, οπότε ενώ το αλκοολούχο στοματικό διάλυμα σκοτώνει τα βακτήρια, δεν επηρεάζει το τελικό αποτέλεσμα αυτού του προβλήματος. Επομένως, τα στοματικά διαλύματα που δεν περιέχουν αλκοόλ αλλά έχουν άλλο παράγοντα που σκοτώνει βακτήρια είναι πιο αποτελεσματικά.
Άλλα πιθανά συστατικά στο στοματικό διάλυμα για πρόληψη και μείωση βακτηριδίων περιλαμβάνουν φθόριο νατρίου και υπεροξείδιο του υδρογόνου. Το υπεροξείδιο του υδρογόνου μπορεί ακόμα να προκαλέσει κάποια ξήρανση του στόματος, αλλά αυτό δεν είναι τόσο έντονο όσο το αποτέλεσμα που προκαλεί το αλκοόλ. Το φθοριούχο νάτριο είναι ένα άλλο πιθανό συστατικό στο στοματικό διάλυμα για την πρόληψη των βακτηρίων. Συνήθως, αυτό το χημικό χρησιμοποιείται σε φυτοφάρμακα, αλλά η έρευνα έχει δείξει ότι τα στοματικά διαλύματα που το περιέχουν είναι αποτελεσματικά στη θανάτωση βακτηρίων. Το φθόριο βοηθά επίσης στην καταπολέμηση των κοιλοτήτων.
Συνολικά, οι περισσότερες μάρκες στοματικού διαλύματος θα είναι αποτελεσματικές στην εξόντωση βακτηρίων. Η χρήση στοματικού διαλύματος για βακτήρια είναι κυρίως για την καταπολέμηση της κακής αναπνοής, επομένως οι μάρκες που περιέχουν αλκοόλ δεν είναι τόσο αποτελεσματικές όσο οι μάρκες χωρίς αλκοόλ. Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι τα άτομα που πάσχουν από κακή αναπνοή πρέπει επίσης να φροντίζουν να βουρτσίζουν τακτικά τα δόντια τους και να χρησιμοποιούν νήμα για να βοηθήσουν το πρόβλημα.