Οι περισσότεροι άνθρωποι ανέχονται καλά τα εμβόλια αλλεργίας, αλλά υπάρχουν μερικές κοινές παρενέργειες που μπορεί να εμφανίσει ένα άτομο. Μεταξύ των πιο συχνών παρενεργειών των εμβόλων αλλεργίας είναι η ερυθρότητα και το πρήξιμο στο σημείο της ένεσης καθώς και η ενόχληση ή οι μώλωπες στην περιοχή. Μερικοί άνθρωποι μπορεί επίσης να εμφανίσουν μη εντοπισμένες παρενέργειες όπως βήχα και φτέρνισμα. Ο συριγμός και η φαγούρα στα μάτια μπορεί επίσης να αναπτυχθούν αφού ένα άτομο έχει λάβει εμβόλιο αλλεργίας. Πολύ πιο σπάνια, ένα άτομο μπορεί να υποστεί μια σοβαρή και απειλητική για τη ζωή αλλεργική απόκριση.
Μία από τις πιο συχνές παρενέργειες των εμβόλων αλλεργίας είναι ο ερεθισμός που αναπτύσσεται στο σημείο της ένεσης. Αυτό συμβαίνει επειδή η ουσία στην οποία το άτομο είναι αλλεργικό εισέρχεται στο σώμα σε αυτό το σημείο και μπορεί να προκαλέσει αλλεργική αντίδραση στο σημείο της ένεσης. Μερικοί από τους τύπους αντιδράσεων που μπορεί να εμφανίσει ένα άτομο στο σημείο της ένεσης περιλαμβάνουν κοκκίνισμα του δέρματος, οίδημα και κνησμό. Μερικοί άνθρωποι μπορεί επίσης να εμφανίσουν ένα μικρό εξάνθημα ή εξόγκωμα στην περιοχή. Είναι ενδιαφέρον ότι πολλοί άνθρωποι αναπτύσσουν τέτοιο ερεθισμό μόλις λίγα λεπτά αφότου λάβουν ένα εμβόλιο αλλεργίας, ενώ άλλοι δεν παρατηρούν αντίδραση παρά μόνο λίγες ώρες αργότερα.
Η ενόχληση κατά τη στιγμή της ένεσης μπορεί επίσης να θεωρηθεί ως παρενέργεια ενός εμβολίου αλλεργίας. Αυτός ο τύπος παρενέργειας είναι συνήθως μόνο ήσσονος σημασίας, ωστόσο, καθώς οι περισσότεροι άνθρωποι αισθάνονται μόνο ένα μικρό τσίμπημα, τσίμπημα ή κάψιμο όταν κάνουν αυτού του είδους τις ενέσεις. Αυτές οι λήψεις, ωστόσο, γενικά προκαλούν πολύ λιγότερη ενόχληση από ό,τι άλλοι τύποι βολών, και οι επαγγελματίες του γιατρού συχνά προσπαθούν να μουδιάσουν την περιοχή, ώστε να μην πονάνε. Για παράδειγμα, μια νοσοκόμα μπορεί να τσιμπήσει απαλά την περιοχή για να δημιουργήσει ένα μούδιασμα ή να εφαρμόσει ένα τοπικό αναισθητικό στο δέρμα.
Μερικοί άνθρωποι μπορεί επίσης να εμφανίσουν μώλωπες στο σημείο της ένεσης ως απόκριση σε ένεση για αλλεργία. Ένα άτομο μπορεί να εμφανίσει περιστασιακό μώλωπα μετά από ένα εμβόλιο αλλεργίας ή μπορεί να μελανιάσει κάθε φορά. Συνήθως, όμως, ο μώλωπας διαρκεί μόνο για πολύ μικρό χρονικό διάστημα.
Άλλες κοινές παρενέργειες των εμβόλων αλλεργίας περιλαμβάνουν μη τοπικές αλλεργικές αντιδράσεις. Για παράδειγμα, ένα άτομο μπορεί να εμφανίσει οποιαδήποτε αλλεργική αντίδραση θα είχε κανονικά ως απόκριση στο αλλεργιογόνο. Μπορεί, για παράδειγμα, να βήχει ή να φτερνίζεται ή να έχει φαγούρα στα μάτια και στο λαιμό. Μερικοί άνθρωποι μπορεί επίσης να έχουν συριγμό ή σφίξιμο στο στήθος επίσης. Είναι σημαντικό να σημειωθεί, ωστόσο, ότι τέτοιες παρενέργειες είναι πιο πιθανό να εμφανιστούν όταν ένα άτομο δεν τηρεί το κανονικό του πρόγραμμα ενέσεων.
Σπάνια, ένα άτομο θα αναπτύξει μια αλλεργική αντίδραση που ονομάζεται αναφυλαξία ως απόκριση σε ένα εμβόλιο αλλεργίας. Πρόκειται για μια απειλητική για τη ζωή αλλεργική αντίδραση που συχνά συνοδεύεται από σφίξιμο στο στήθος και δυσκολία στην αναπνοή. Ένα άτομο μπορεί επίσης να χάσει τις αισθήσεις του σε μια τέτοια περίπτωση. Ένα άτομο που αναπτύσσει αυτή την αντίδραση χρειάζεται άμεση ιατρική φροντίδα.