Tradycyjny taksonomista to biolog, który klasyfikuje organizmy według ich cech fizycznych lub komórkowych. Naukowcy ci próbują również ustalić relacje ewolucyjne między tymi organizmami. Kiedy zostanie odkryty nowy organizm, niezależnie od tego, czy jest to roślina, zwierzę czy mikroorganizm, taksonomista nada mu oznaczenie linnejskie. Oznacza to, że umieści je w odpowiednich kategoriach na poziomach taksonomicznych królestwa, gromady, klasy, rzędu, rodziny, rodzaju i gatunku. Kiedy ludzie odwołują się do naukowej nazwy organizmu, takiej jak dobrze znana nazwa psa, Canis familiaris, używają nazwy rodzaju i gatunku tego organizmu.
Klasyfikacja taksonomiczna była dokonywana na przestrzeni lat na wiele różnych sposobów. We wczesnych dniach formalnej taksonomii biotechnologia była bardzo ograniczona i naukowcy musieli klasyfikować organizmy wyłącznie na podstawie obserwowalnych cech fizycznych. Wraz z rozwojem teorii ewolucji w połowie XIX wieku taksonomiści zaczęli kategoryzować organizmy na grupy reprezentowane przez gałęzie drzewa ewolucyjnego. Gatunki zamieszkujące gałęzie znajdujące się blisko siebie byłyby uważane za blisko spokrewnione w sensie ewolucyjnym, podczas gdy gatunki żyjące na gałęziach oddalonych od siebie byłyby spokrewnione jedynie daleko.
Związki, na które wskazują pozycje organizmów na drzewie ewolucyjnym, określane są jako związki filogenetyczne. Teraz, gdy naukowcy mają możliwość sekwencjonowania kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA) w komórkach organizmów, można dokładniej określić zależności filogenetyczne. Ta technika analizy zaowocowała dokładniejszymi drzewami ewolucyjnymi niż te, które zostały opracowane przez taksonomów zajmujących się wyłącznie anatomią. Naukowcy wykorzystują również techniki embriologii, serologii i immunologii do dalszego definiowania i udoskonalania relacji filogenetycznych.
Aby zostać taksonomistą, należy uzyskać czteroletni stopień naukowy w dziedzinie biologii, zazwyczaj mikrobiologii, zoologii lub botaniki. Wybrana konkretna dziedzina będzie zależeć od typu taksonomisty, jakim uczeń chce zostać, ponieważ taksonomiści mają tendencję do specjalizowania się w pewnych królestwach. Oznacza to, że żaden taksonomista nie będzie klasyfikował nowych gatunków we wszystkich królestwach organizmów. Uczeń zostałby na przykład taksonomem roślin lub taksonomem zwierząt. Aby stać się praktykującym i szanowanym taksonomistą, często wymagane są studia podyplomowe w zakresie metodologii klasyfikacji.
W ostatnich latach termin taksonomia był stosowany do zawodów wykraczających poza profesję systematyka biologicznego. Można usłyszeć o taksonomach wojskowych lub ekonomicznych. Są to po prostu ludzie, którzy klasyfikują aspekty wojska lub gospodarki, podobnie jak biologiczni taksonomowie klasyfikują organizmy.