W książkach o Harrym Potterze Departament Tajemnic jest departamentem w Ministerstwie Magii, który koncentruje się na tajnych badaniach i prawdopodobnie również rozwoju. Niewiele wiadomo na temat funkcjonowania Departamentu Tajemnic w ogólnej społeczności czarodziejów, co czyni go analogicznym do innych ściśle tajnych departamentów rządowych na całym świecie. Czytelnicy poznają Departament Tajemnic w Harrym Potterze i Zakonie Feniksa.
Pracownicy Departamentu Tajemnic nazywani są „Niewymownymi”. Podobnie jak inni pracownicy tajnych organizacji, wydają się prowadzić w dużej mierze zamknięte i prywatne życie i nie są przyjacielskie ani towarzyskie z innymi pracownikami Ministerstwa. Kwalifikacje do bycia Niewymownymi są nieznane, ale przypuszczalnie Niewymowni to bardzo utalentowani badacze i czarodzieje.
Aby dostać się do Departamentu Tajemnic, czarodzieje zjeżdżają windą Ministerstwa na dziewiąty poziom ogromnego podziemnego kompleksu. Pojedyncze drzwi otwierają się na duży okrągły pokój z większą liczbą drzwi. Kiedy drzwi są zamknięte, okrągły pokój obraca się, uniemożliwiając ustalenie, skąd pochodzi. W Harrym Potterze i Zakonie Feniksa Hermiona Granger bardzo sprytnie używa zaklęcia, aby zrobić duże płonące „X” na drzwiach, pozwalając grupie młodych czarodziejów śledzić, które drzwi już wypróbowali.
W Departamencie Tajemnic można znaleźć wiele różnych pomieszczeń. Wygląda na to, że są odsunięci na bok do badania złożonych projektów i bardzo zaawansowanej magii. Możliwe też, że Departament Tajemnic ukrywa potencjalnie niebezpieczne przedmioty. Według Albusa Dumbledore’a w jednym z pokoi kryje się moc „jednocześnie wspanialsza i straszniejsza niż śmierć”, a ten pokój jest zawsze zamknięty. Niektóre pokoje są eksplorowane w Harrym Potterze i Zakonie Feniksa, piątej książce z serii.
Jednym z kluczowych pomieszczeń w Departamencie Tajemnic jest Sala Przepowiedni, która zawiera zarchiwizowane proroctwa dotyczące czarodziejskiego świata, przechowywane w małych szklanych kulkach. Proroctwa mogą być odbierane tylko przez zaangażowanych w nie czarodziejów. W innym pokoju znajduje się duży zbiornik mózgów z połączonymi myślami, podczas gdy w jednym znajduje się zestaw planet unoszących się w przestrzeni. Zmieniacze czasu i inne urządzenia związane z czasem są trzymane w dużym pomieszczeniu i są w dużej mierze zniszczone podczas bitwy w Ministerstwie. Bohaterowie odwiedzają także pokój, który wydaje się skupiać na śmierci w piątej księdze, z tajemniczą zasłoną zwisającą z dużego łuku.