Istnieje kilka możliwych przyczyn owrzodzenia prącia, z których każda ma własne, specyficzne opcje leczenia. Ogólnie rzecz biorąc, owrzodzenia na tkance skórnej leczy się kombinacją antybiotyków, leków przeciwzapalnych i przeciwbólowych. Owrzodzone obszary powinny być wilgotne, aby sprzyjać prawidłowemu gojeniu. Aby zagwarantować skuteczną długotrwałą ulgę, należy szczegółowo zająć się podstawową przyczyną owrzodzenia; jeśli owrzodzenie jest wynikiem na przykład kiły, pacjentowi należy podać domięśniowe dawki penicyliny G. Ta sama zasada leczenia dotyczy innych przyczyn wrzodów prącia, w tym raka, wrzodu wrzodowego i opryszczki.
Konieczne jest, aby pacjentka uchroniła owrzodzenie prącia przed infekcją, ponieważ może to prowadzić do poważnych komplikacji zdrowotnych. Lekarze często zalecają stosowanie miejscowych antybiotyków w celu powstrzymania potencjalnie szkodliwych mikroorganizmów, chyba że pacjent wykazuje niepożądane reakcje na lek. W niektórych przypadkach stosowanie antybiotyków może przyczynić się do powstania owrzodzeń, co sprawia, że ważne jest badanie przed leczeniem. W przypadku, gdy nie można zastosować antybiotyków, miejscowe środki antyseptyczne są możliwą, choć bardziej niewygodną alternatywą.
Wrzód może rozwinąć obrzęk, co zarówno zwiększa dyskomfort pacjenta, jak i komplikuje leczenie. Lekarze zalecają stosowanie doustnych lub miejscowych leków przeciwhistaminowych w celu kontrolowania stanu zapalnego. Jeśli leczenie nie jest w stanie skutecznie zmniejszyć obrzęku, pacjenci mogą zdecydować się na wypróbowanie silniejszych kortykosteroidów, aby rozwiązać problem. Zarówno antybiotyki, jak i leki przeciwzapalne mogą być stosowane w połączeniu z lekami przeciwbólowymi w celu zmniejszenia dyskomfortu odczuwanego przez pacjentów z owrzodzeniem penisa.
Oprócz tych ogólnych metod leczenia, pacjenci powinni być badani i leczeni pod kątem wszelkich schorzeń, które mogły przyczynić się do powstania wrzodów prącia. Wrzód prącia może powstać w wyniku wielu chorób przenoszonych drogą płciową, co powoduje, że pacjent musi zająć się infekcją korzenia. Opryszczkę można leczyć lekami przeciwwirusowymi, takimi jak acyklowir i pencyklowir, co znacznie zmniejsza prawdopodobieństwo dalszego rozwoju wrzodów. Z drugiej strony, infekcje Chancroid można wyeliminować za pomocą antybiotyków, takich jak azytromycyna i erytromycyna.
Rak prącia może również powodować owrzodzenie. Guzy powstałe w okolicy narządów płciowych mogą owrzodzić, a otaczająca skóra często twardnieje. Dostępnych jest kilka opcji leczenia takich przypadków, w tym chemioterapia, radioterapia i chirurgiczne usunięcie guzów. Wskaźniki powodzenia różnią się w zależności od pacjenta, co utrudnia lekarzom zagwarantowanie długoterminowej ulgi. Leczenie sprawi jednak, że nowotwór będzie łatwiejszy do opanowania i zwykle zmniejszy tempo rozwoju wrzodów.