Wynagrodzenie biegłych sądowych jest często ustalane w drodze negocjacji między biegłym a adwokatem zatrudniającym biegłego w imieniu klienta. Opłaty płacone biegłym za zeznania w sądzie będą różne. Niektórzy świadkowie pobierają opłaty za godzinę lub za dzień. W niektórych jurysdykcjach opłaty biegłych sądowych są określone przez prawo. Niektóre inne czynniki, które wpływają na honoraria biegłych, w tym ekspertyza świadka i rodzaje świadczonych usług.
Niektórzy specjaliści lub firmy są szczególnie zaangażowani w działalność polegającą na wynajmowaniu siebie jako ekspertów w pełnym wymiarze godzin. Na przykład niektóre firmy świadczą usługi badania dokumentów finansowych w celu ustalenia dochodu osoby lub firmy. Inne firmy dostarczają ekspertów do rekonstrukcji wypadków. Te honoraria biegłych sądowych będą zazwyczaj wyższe, ponieważ biegli są zatrudnieni w pełnym wymiarze godzin w składaniu zeznań biegłych i mają udokumentowane osiągnięcia w poprzednich sprawach sądowych.
Firmy, które w szczególności zajmują się oferowaniem usług biegłych sądowych, będą negocjować umowy na różne rodzaje świadczonych usług. W innych przypadkach stawki są stałe. W przeciwieństwie do tego, ktoś, kto zeznaje tylko okazjonalnie jako osoba towarzysząca w głównym zawodzie — na przykład księgowy lub meteorolog — może pobierać niższą opłatę. Kwoty wypłacane osobie pełniącej funkcję eksperta często zależą od doświadczenia biegłego i prawnika negocjującego honorarium.
Zakres usług świadczonych przez biegłego będzie miał również wpływ na sposób ustalania honorarium biegłego. Na przykład biegły sądowy nie ogranicza się do składania zeznań na rozprawie. Prawnik może potrzebować eksperta do przygotowania opinii lub udziału w zeznaniach, aby pomóc adwokatowi zrozumieć eksperta strony przeciwnej. Zeznanie to zeznanie pod przysięgą złożone poza sądem, w którym prawnik ma możliwość przesłuchania strony przeciwnej i niektórych świadków, którzy mogą zeznawać na rozprawie. W skomplikowanych sprawach prawnik może potrzebować pomocy biegłego w celu złożenia zeznań lub zadawania pytań podczas takiego procesu.
Prawnik negocjujący z ekspertem w imieniu klienta zazwyczaj wie, jak najlepiej ułożyć umowę dotyczącą wynagrodzenia. Ostateczną odpowiedzialność za opłacenie honorarium biegłych sądowych ponosi jednak klient. Klient może zapytać swojego prawnika, dlaczego dany ekspert jest potrzebny i ile to będzie kosztować. Pozwoli to klientowi lepiej zrozumieć proces i uniknąć możliwości ponoszenia zbędnych wydatków prawnych.