Metronidazol i klindamycyna są antybiotykami, ale różnią się sposobem działania, skutkami ubocznymi i typami infekcji, które zwykle leczą. Chociaż oba są antybiotykami, metronidazol jest skuteczny w przypadku infekcji wywołanych przez bakterie beztlenowe i różne pierwotniaki pasożytnicze. Klindamycyna jest skuteczna zarówno w przypadku infekcji bakteryjnych tlenowych, jak i beztlenowych oraz pierwotniaków wywołujących malarię. Metronidazol zaburza niektóre funkcje komórkowe, powodując śmierć bakterii lub pasożytów. Klindamycyna nie zabija bakterii, a raczej powstrzymuje je przed rozmnażaniem.
Oba leki są dostępne w postaci doustnej i miejscowej. Metronidazol występuje w postaci tabletek, kapsułek, kremu, balsamu, żelu i postaci do wstrzykiwań. Oprócz tych postaci klindamycyna występuje również w postaci zawiesiny doustnej, pianki do stosowania miejscowego oraz roztworu do leczenia trądziku. W leczeniu trądziku stosuje się również kombinacje klindamycyny i innych leków.
Klindamycyna jest przepisywana w przypadku ciężkich infekcji bakteryjnych. Ten antybiotyk leczy infekcje skóry, krwi, narządów wewnętrznych i inne infekcje. Klindamycyna jest również stosowana w infekcjach zębów lub w zapobieganiu infekcjom serca u niektórych pacjentów poddawanych zabiegom stomatologicznym. Metronidazol zwalcza beztlenowe infekcje bakteryjne w płucach, jelitach, stawach i narządach trawiennych. Ponadto jest stosowany w leczeniu chorób wywoływanych przez pierwotniaki, takie jak ameba i Giardia.
Skutki uboczne metronidazolu i klindamycyny mają pewne podobieństwa, ale także kilka ważnych różnic. Wszystkie antybiotyki mogą powodować zaburzenia korzystnej flory bakteryjnej jelit. Może to prowadzić do biegunki i skurczów jelit. Klindamycyna została jednak powiązana z ciężkim stanem jelit wywołanym przez bakterie lekooporne. Przerost opornych bakterii podczas i po leczeniu może w rzadkich przypadkach prowadzić do potencjalnie śmiertelnego stanu.
Zarówno metronidazol, jak i klindamycyna często powodują łagodną biegunkę, nudności i wymioty. Skutki uboczne metronidazolu nasilają się po spożyciu alkoholu i mogą powodować ciężkiego kaca. Inne częste działania niepożądane metronidazolu to metaliczny posmak w ustach, ból głowy i utrata apetytu. Ludzie nie powinni kłaść się natychmiast po zażyciu klindamycyny, ponieważ mogą wystąpić nudności, zgaga lub biegunka. Zaleca się, aby pacjenci informowali swoich lekarzy o wszelkich nietypowych lub ciężkich objawach podczas przyjmowania któregokolwiek z leków.
Co najmniej jedno badanie wykazało, że metronidazol i klindamycyna wykazywały różnice w oporności bakterii podczas leczenia bakteryjnego zapalenia pochwy u kobiet. Obie grupy badawcze stosowały dopochwowy preparat metronidazolu lub klindamycyny. Naukowcy odkryli znacznie większą oporność bakterii na klindamycynę u kobiet leczonych z powodu bakteryjnego zapalenia pochwy, zwłaszcza po zakończeniu leczenia. Występowała bardzo niska częstość występowania oporności bakterii na metronidazol. Stwierdzili wzrost stężenia Escherichia coli w grupie leczonej klindamycyną, ale wzrost korzystnych Lactobacillus u kobiet leczonych metronidazolem po zakończeniu leczenia.