Metafizyka to szeroka dziedzina studiów filozoficznych, która stara się zrozumieć i sklasyfikować najgłębszą naturę istnienia. Podobnie większość głównych religii próbuje wyjaśnić, jak i dlaczego cokolwiek, a zwłaszcza ludzie, istnieją na świecie. Metafizyka i religia są więc ze sobą powiązane, ponieważ religia często próbuje dostarczyć metafizycznego rozumienia istnienia. Inne pytania ważne zarówno dla metafizyki, jak i religii obejmują naturę ludzkiego umysłu, wolną wolę oraz istnienie i rolę Boga.
Jedynym czynnikiem, który najbardziej jednoczy metafizykę i religię, jest natura istnienia na podstawowym poziomie. Na przykład materialista wyznaje metafizyczny pogląd, że wszystkie rzeczy można zrozumieć materialnie bez zwracania się do jakichkolwiek sił nadprzyrodzonych. Z drugiej strony wierzący wierzą, że świat istnieje dzięki Bogu lub bogom. Panteistyczny pogląd na metafizykę i religię stwierdza, że nie ma rzeczywistej różnicy między ideami „Boga” i „świata”.
Inną ważną kwestią poruszaną przez obie koncepcje jest wolna wola. Nie wiadomo z naukową pewnością, czy ludzie faktycznie mają pełną kontrolę nad swoimi działaniami i decyzjami. Metafizycy starają się zbadać i zrozumieć, co rozumie się przez „wolną wolę” w przeciwieństwie do determinizmu i czy można je pogodzić. Starają się również przedstawić racjonalne argumenty, czasami czerpiąc z nowoczesnej nauki, za lub przeciw wolnej woli. Z drugiej strony, różne religie opierają się na wolnej woli lub determinizmie jako fundamentalnym punkcie ich systemów etycznych.
Teologia jest podrozdziałem filozofii zainteresowanym badaniem Boga i boskości. W związku z tym zachęca do udziału zarówno metafizykę, jak i religię. Ważne pytania teologiczne dotyczą istnienia Boga, możliwości poznania Boga oraz roli Boga w tworzeniu i kierowaniu wszechświatem. Niektórzy metafizycy twierdzą na przykład, że nie ma Boga lub że idea „boga” odnosi się tylko do bezosobowego stwórcy. Z drugiej strony teologowie religijni często opowiadają się za osobowym Bogiem lub za poglądami teologicznymi prezentowanymi przez ich konkretne religie.
Sposób badania tych koncepcji opiera się na wielu różnych czynnikach, z których wiele pochodzi z filozofii, historii i religii. Na przykład niektóre religie zniechęcają do kwestionowania doktryn religijnych i zachęcają raczej do metafizyki dogmatycznej niż krytycznej. Z drugiej strony filozofowie akademiccy są skłonni wierzyć, że wszelkie kwestie dotyczące metafizyki i religii można i należy badać.