Związek między układem moczowym a układem rozrodczym polega na wczesnym rozwoju płodowym tych układów i anatomicznych lokalizacjach układów. Układ moczowy i rozrodczy człowieka powstają z tej samej warstwy embrionalnej podczas rozwoju płodowego. W pierwszym trymestrze dojrzewania płodu te dwa systemy różnicują się, stając się dwiema odrębnymi funkcjami organizmu. Układ moczowy rozwija się w system funkcji organizmu w celu usuwania odpadów, a układ rozrodczy rozwija się w system funkcji organizmu, których jedynym celem jest utrwalenie gatunku.
Układ moczowy i rozrodczy rozwija się z pośredniej warstwy mezodermy. Z tej warstwy rozwijają się nerki, gonady, kanaliki wilcze i kanaliki Müllera. U samic zanikają przewody Wolffa, ale u samców rozwijają się pęcherzyki nasienne, nasieniowodów, najądrza i przewód wytryskowy. U kobiet przewody Müllera tworzą się w macicy, jajowodach i pochwie. Gonady stają się jądrami u samców, a jajnikami u samic.
W późniejszym okresie rozwoju, po umieszczeniu nerek na miejscu, z części przewodów Wolffa i kloaki endodermalnej tworzy się pęcherz moczowy. Cewka moczowa jest w pełni uformowana u kobiet i częściowo u samców z kloaki endodermalnej. Pozostała część męskiej cewki moczowej rozwija się z zewnętrznych narządów płciowych.
U mężczyzn układ moczowy i rozrodczy nieznacznie zachodzą na siebie. Cewka moczowa u mężczyzn ma dwojaki cel: zarówno eliminację moczu, jak i wytrysk nasienia. Mocz jest wytwarzany w nerkach jako materiał odpadowy i spływa moczowodami do pęcherza, gdzie jest przechowywany aż do usunięcia z organizmu. W momencie oddawania moczu mocz wypływa z pęcherza przez cewkę moczową i opuszcza ciało z penisa.
Gonady samców nazywane są jądrami. Plemniki rozwijają się w jądrach i są przechowywane w cewkach najądrza. Przed wytryskiem plemniki przemieszczają się z magazynu w najądrza przez nasieniowód, który znajduje się tuż za pęcherzem i łączy się z cewką moczową. Plemniki są następnie wytryskiwane z organizmu przez cewkę moczową do końca penisa.
U kobiet układ moczowy i rozrodczy są oddzielone, chociaż zarówno cewka moczowa, jak i otwór pochwy znajdują się w obrębie warg sromowych mniejszych pochwy. Podobnie jak u mężczyzn, mocz jest wytwarzany w nerkach i przedostaje się do pęcherza moczowodami. Mocz jest wydalany z samicy przez cewkę moczową, która znajduje się przed otworem pochwy mieszczącym się w wargach sromowych mniejszych.
Jaja są produkowane w gonadach lub jajnikach samicy. Zazwyczaj pojedyncze jajo przemieszcza się z jajników do jajowodów i ostatecznie do macicy. Jeśli zapłodnienie komórki jajowej nie nastąpi, wystąpią miesiączki, co pozwoli na przedostanie się warstwy endometrium i niezapłodnionej komórki jajowej przez szyjkę macicy do pochwy i na zewnątrz ciała przez otwór pochwowy.