Na wynagrodzenie lekarza rodzinnego może mieć wpływ wiele różnych czynników kulturowych i ekonomicznych. Istnieje rozbieżność między wynagrodzeniami lekarzy prowadzących prywatną praktykę lekarską w medycynie rodzinnej a tymi, którzy pracują pod parasolem szpitala lub organizacji opieki zdrowotnej. Dochód lekarza zależy również od kraju, w którym wykonuje on praktykę, częściowo od tego, czy rząd danego kraju zapewnia częściowo lub całkowicie dotowane usługi opieki zdrowotnej. Kolejnym elementem, który odgrywa istotną rolę w wynagrodzeniach medycyny rodzinnej, jest położenie geograficzne lekarza.
Badania konsekwentnie pokazują, że pensje medycyny rodzinnej są niższe od wynagrodzeń chirurgów i specjalistów. Rozbieżność ta jest czasami kompensowana długością praktyki lekarza rodzinnego. Podobnie jak w przypadku większości profesjonalistów zajmujących się karierą, osoby, które przez lata ugruntowały swoją pozycję w społeczności, mają tendencję do budowania dużej bazy klientów. Większa liczba pacjentów przekłada się bezpośrednio na wyższe dochody, a doświadczony lekarz rodzinny, cieszący się doskonałą opinią, może prześcignąć specjalistę pod względem dochodów.
Lekarze rodzinni często stanowią największy odsetek personelu medycznego na obszarach wiejskich. Liczba lekarzy rodzinnych w dużym mieście może sięgać setek, a nawet tysięcy, podczas gdy liczbę lekarzy rodzinnych w małym mieście można policzyć na jednej stronie. W grę wchodzą prawa podaży i popytu, a konkurencja czasami powoduje, że pensje medycyny rodzinnej są niższe w miastach niż na wsi. Jest to szczególnie istotne, gdy korekty kosztów utrzymania są uwzględniane w równaniu przychodów.
W niektórych krajach wysoki odsetek pacjentów przyjmowanych przez lekarzy miejskich jest objętych prywatnym ubezpieczeniem zdrowotnym. Lekarze na wsi mogą częściej przyjmować pacjentów, których potrzeby zdrowotne są dotowane przez programy rządowe. Ubezpieczenia prywatne zazwyczaj przewyższają programy finansowane ze środków publicznych w zakresie objętych nimi procedur medycznych i wysokości opłat uiszczanych lekarzowi. Wynagrodzenia w medycynie rodzinnej są często niższe w krajach, w których opieka zdrowotna jest w pełni opłacana przez rząd lub w których powszechne są rządowe programy opieki zdrowotnej.
Lekarze rodzinni, którzy są zatrudnieni przez szpitale lub są zatrudniani przez grupy medyczne, w których występuje szereg specjalistów, na ogół otrzymują wyższą stawkę wynagrodzenia niż lekarze prowadzący małe lub indywidualne praktyki. Dzieje się tak częściowo dlatego, że szpital lub grupa zazwyczaj otrzymują płatności z wielu różnych źródeł i zatrudniają pracowników, którzy specjalizują się w kontaktach z firmami ubezpieczeniowymi i rządowymi agencjami zdrowia. Tak duże operacje są często bardziej opłacalne niż małe praktyki, umożliwiając wyższą stawkę wynagrodzenia dla lekarzy zatrudnionych na miejscu.