Istnieje wiele gatunków endemicznych dla Indonezji, która jest gorącym punktem bioróżnorodności tropikalnej. Indonezja to rozległy region i kraj na północ od Australii i na południowy wschód od Azji Południowo-Wschodniej. Składa się z 17,508 wysp ułożonych w archipelagi, z których największe to Nowa Gwinea, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores i Timor. Nowa Gwinea, Borneo i Sumatra to odpowiednio druga, trzecia i szósta co do wielkości wyspy świata, łącznie zajmujące ponad 800,000 XNUMX mil kwadratowych. Izolacja licznych wysp Indonezji przyczynia się do ich bioróżnorodności, a różne gatunki różnicują się na każdej wyspie i są odizolowane od drapieżników kontynentalnych.
W Indonezji istnieją dwie główne strefy zoogeograficzne: Sundaland na zachodzie i Wallacea na wschodzie. Są one przedzielone linią Wallace’a, wyobrażoną linią biegnącą między Borneo i Sulawesi. Na zachód od linii znajdują się głównie gatunki spokrewnione z Azją, na wschodzie gatunki australijskie. W sumie około połowa Indonezji jest niezamieszkana, w większości zajmowana przez lasy deszczowe.
W Sundalandzie występuje 381 rodzimych gatunków ssaków, z których 173 to gatunki endemiczne. W minionych epokach lodowcowych poziom morza na tym obszarze był na tyle niski, że zwierzęta mogły podróżować z kontynentu azjatyckiego na wyspy. Tak więc można tu znaleźć tygrysa, nosorożca, słonia i lamparta. Najsłynniejszy gatunek endemiczny dla Indonezji, orangutan, można znaleźć na Borneo i Sumatrze, gdzie tworzą dwa odrębne gatunki. Te pomarańczowe małpy człekokształtne są bardzo inteligentnymi użytkownikami narzędzi, ale są zagrożone przez działalność człowieka i niszczenie siedlisk. Najmniejszego gatunku tygrysa, pięknego tygrysa sumatrzańskiego, można znaleźć na całej wyspie, gdzie liczy tylko 500 osobników.
Dwa inne gatunki endemiczne dla Indonezji to nosorożec sumatrzański i jawajski, dwa z najrzadszych i najbardziej zagrożonych gatunków dużych ssaków na świecie. Od dawna poluje się na nie ze względu na ich rogi, które mają wartość w chińskiej medycynie. Istnieje tylko około 300 nosorożców sumatrzańskich i tylko 60 nosorożców jawajskich. Niezbędne będą znaczne wysiłki na rzecz ochrony, aby zapewnić odtworzenie populacji tych gatunków. Proces ten może potrwać wieki.
Inne gatunki endemiczne dla Indonezji występują w Wallacea, regionie na wschód od Linii Wallace’a. Wallacea ma 126 endemicznych gatunków, w tym siedem gatunków makaków, pięć gatunków wyraków, anoa, rzadki podrodzaj bawołów oraz babirusa, zwierzę podobne do świni z dwoma zestawami zakrzywionych rogów. Na Nowej Gwinei występują gatunki endemiczne dla Indonezji, takie jak dziwaczny kangur drzewny Goodfellow, liczne gatunki gryzoni, niektóre długie na stopę, piękny dzioborożec papuaski i słynny smok Komodo, największa żyjąca jaszczurka. Ponieważ jedynymi rodzimymi ssakami łożyskowymi są nietoperze i myszy, inne gatunki, takie jak warkot z Komodo, zaadoptowały nisze, które w przeciwnym razie zostałyby zaadoptowane przez duże łożyska.