Po przejściu wazektomii niektórzy mężczyźni zgłaszają częste problemy, takie jak siniaki w pobliżu miejsca nacięcia, obrzęk i niewielki dyskomfort. Takich problemów z wazektomią należy się spodziewać i generalnie trwają one tylko kilka dni. W niektórych przypadkach mogą wystąpić poważniejsze powikłania, w tym infekcja pooperacyjna.
Prawie każdy pacjent doświadczy kilku problemów z wazektomią w ciągu kilku dni lub tygodnia bezpośrednio po zabiegu, w tym siniaków i obrzęków jąder, a także bólu i dyskomfortu. Powszechną praktyką jest przepisywanie przez lekarza doustnego środka przeciwbólowego i ewentualnie leku przeciwzapalnego w celu złagodzenia tych objawów. Wielu pacjentów uważa, że przydatne jest przyłożenie worka z lodem na krótki czas, aby ograniczyć krążenie krwi i złagodzić ból. Po wazektomii pacjenci są zazwyczaj instruowani, aby natychmiast powiadomić lekarza, jeśli wystąpią poważniejsze powikłania wazektomii, takie jak gorączka lub tworzenie się guzków w jądrach.
Istnieją inne, poważniejsze problemy związane z wazektomią, które mogą objawiać się po operacji, takie jak gorączka, infekcja i stan znany jako ziarniniaki plemników, który odnosi się do zapasu plemników w jądrach. W przypadku wystąpienia któregokolwiek z tych stanów ważne jest, aby pacjent jak najszybciej zasięgnął porady lekarza. Gorączkę można najczęściej leczyć w domu za pomocą leków dostępnych bez recepty i odpoczywać, ale jeśli występuje infekcja, lekarz będzie chciał zbadać obszar i podjąć odpowiednie działania. Rzadko zdarza się, aby ziarniniaki plemników powodowały problemy, a większość grudek rozpuszcza się samoistnie w ciągu roku.
Kilka badań wprowadziło ideę połączenia wazektomii i większego ryzyka raka prostaty u pacjentów, którzy zdecydują się na tę procedurę. Większość lekarzy uważa, że nie ma związku między poddaniem się wazektomii a wzrostem zachorowań na raka prostaty. Sugeruje się, aby każdy mężczyzna regularnie odwiedzał lekarza na badania prostaty w celu zapewnienia dobrego stanu zdrowia.
Chociaż zdarza się to rzadko, niepowodzenie wazektomii stanowi problem dla niewielkiej liczby pacjentów. Przyczyna tego typu problemów z wazektomią jest często nieznana, a także jest jednym z powodów, dla których pacjentom zaleca się stosowanie alternatywnych form antykoncepcji przez pierwsze trzy miesiące po zabiegu. Dopóki pacjentka będzie przestrzegać żądanego harmonogramu pobierania nasienia, problem ten można rozwiązać przed wystąpieniem nieplanowanej ciąży.