Najczęstszymi skutkami ubocznymi mikrodermabrazji mogą być łagodne podrażnienie skóry, nasilenie trądziku i pewne przebarwienia skóry. Osoby o wrażliwej skórze są zwykle bardziej podatne na skutki uboczne mikrodermabrazji niż osoby, które nie mają wrażliwej skóry. Efekt uboczny przebarwienia skóry wydaje się być również bardziej wyraźny u osób, które naturalnie mają ciemniejszą skórę. Osoby, które mają mikrodermabrazję, aby złagodzić objawy trądziku i blizny potrądzikowe, mogą również mieć więcej wyprysków niż zwykle przez kilka tygodni po zabiegu. Większość skutków ubocznych mikrodermabrazji ma charakter przejściowy i ustępuje, gdy skóra zdąży się zagoić.
Prawdopodobnie jest bardzo niewiele osób, które nie odczuwają podrażnienia skóry po wykonaniu mikrodermabrazji. Podczas wykonywania mikrodermabrazji usuwana jest cała górna warstwa skóry. Zwykle powoduje to podrażnienie skóry, które wiele osób uważa za podobne do oparzenia słonecznego. Zaczerwienienie, swędzenie i łuszczenie lub łuszczenie się skóry to efekty uboczne mikrodermabrazji, które często zgłaszają osoby, które właśnie przeszły zabieg. Gdy skóra zdąży się zagoić, te skutki uboczne zwykle znikają.
Wiele osób wykonuje mikrodermabrazję, aby pomóc w ich trądziku. Z tego powodu dla tych osób może być zaskoczeniem, gdy trądzik ma tendencję do pogarszania się zaraz po zabiegu mikrodermabrazji. Chociaż mikrodermabrazja często może znacznie pomóc zarówno w bliznach potrądzikowych, jak i trądzikowych, trądzik ma tendencję do pogarszania się tuż po zabiegu z powodu urazu skóry i ponieważ mikrodermabrazja pomaga odblokować pory. Kiedy pory zostają odblokowane w wyniku mikrodermabrazji, bakterie są zwykle uwalniane z porów, a bakterie te mogą pozostawać na powierzchni skóry, tymczasowo zwiększając prawdopodobieństwo powstania plamek trądzikowych. Większość osób zgłasza, że ten efekt uboczny mikrodermabrazji znika w ciągu kilku tygodni po zakończeniu zabiegu.
Najbardziej problematycznym ze wszystkich skutków ubocznych mikrodermabrazji mogą być przebarwienia skóry. Osoby, które mają jaśniejszą skórę, zwykle nie odczuwają tego problemu w dużym stopniu, ale osoby o ciemniejszej skórze często tak. Po mikrodermabrazji osoba o ciemnej skórze może zauważyć, że ma pewne jasne plamy, których wcześniej nie było. To przebarwienie często nie jest trwałe, ale może utrzymywać się przez dość długi czas, zanim koloryt skóry wróci do normy. Wiele osób jest w stanie poradzić sobie z tym efektem ubocznym, używając podkładu na skórę, aby nadać jej bardziej równomierny kolor.