Usuwanie rootkitów może być trudnym i frustrującym procesem, chociaż istnieje wiele wskazówek, które mogą nieco ułatwić ten proces. Niektóre programy zabezpieczające mogą dość niezawodnie wykrywać i radzić sobie z rootkitami, które mogą znajdować się na komputerze, chociaż nie wszystkie programy zabezpieczające i antywirusowe potrafią to skutecznie robić. Możliwe jest ręczne usunięcie rootkita, chociaż może to być niepraktyczne dla wielu użytkowników komputerów. Usunięcie rootkita może potencjalnie wymagać całkowitego sformatowania zainfekowanego dysku twardego, a następnie ponownej instalacji dowolnego systemu operacyjnego (OS) na dysku.
Rootkit to rodzaj złośliwego oprogramowania lub złośliwego oprogramowania, które może uzyskać dostęp do systemu komputerowego i zostać zainstalowane na różnych poziomach systemu operacyjnego. Gdy rootkit znajduje się w systemie, zwykle działa w celu ukrycia innych form złośliwego oprogramowania, takich jak wirusy lub robaki, lub zapewnienia nieautoryzowanym użytkownikom dostępu do systemu komputerowego przez tylne drzwi. Usunięcie rootkita może być jednak bardzo trudne ze względu na sposób, w jaki rootkit działa w systemie komputerowym, a nawet wykrycie istniejącego rootkita za pomocą standardowego skanowania antywirusowego jest mało prawdopodobne. Najlepszą i najłatwiejszą formą usuwania rootkitów jest zapobieganie, zwykle za pomocą oprogramowania antywirusowego i innego oprogramowania zabezpieczającego.
Jednak gdy rootkit jest już obecny w systemie komputerowym, w jego usunięciu może czasami pomóc program zabezpieczający przeznaczony do usuwania rootkitów. Wiele pakietów bezpieczeństwa, takich jak programy antywirusowe z innymi funkcjami bezpieczeństwa, nie ma narzędzi niezbędnych do usuwania rootkitów, dlatego często potrzebne jest specjalistyczne oprogramowanie. To oprogramowanie zazwyczaj musi działać z dysku, który nie jest zainfekowany, na przykład z dysku CD lub dysku twardego USB. Jednak nawet tego typu usuwanie rootkitów może się nie powieść, w zależności od rootkita i tego, jak dobrze jest chroniony przed oprogramowaniem zabezpieczającym.
Jedną z najskuteczniejszych form usuwania rootkitów, choć również dość drastyczną, jest całkowite sformatowanie zainfekowanego dysku twardego. Eliminuje to wszystkie dane znajdujące się na dysku, w tym pliki systemu operacyjnego, wszelkie programy zainstalowane na dysku, pliki osobiste utworzone przez użytkownika oraz sterowniki zainstalowane na tym dysku twardym. Po ponownym sformatowaniu dysku twardego usuwanie rootkita powinno zostać zakończone, a system operacyjny i inne pliki mogą zostać ponownie zainstalowane i umieszczone na dysku. Odzyskiwanie plików z zainfekowanego dysku można wykonać przed ponownym formatowaniem, ale należy to zrobić ostrożnie, aby upewnić się, że rootkit nie rozprzestrzeni się na urządzenie, na które kopiowane są pliki.