Możliwych jest wiele różnych powikłań intubacji. Jeśli pacjenci potrzebują pilnej pomocy w oddychaniu, zazwyczaj intubuje się ich przez włożenie do ust rurki oddechowej, która jest następnie wprowadzana do tchawicy; rurka ta jest często określana jako rurka dotchawicza. Po intubacji respirator może pompować powietrze do i z płuc. Powikłania intubacji mogą wynikać z procesu wprowadzania, ponieważ rurka może uszkodzić układ oddechowy lub przewód pokarmowy. Pacjenci zaintubowani mają zwiększone ryzyko infekcji, takich jak zapalenie płuc i zapalenie zatok, a długotrwałe wspomaganie oddychania rurką dotchawiczą może spowodować uszkodzenie dróg oddechowych, utrudniając oddychanie w przyszłości.
Samo wprowadzenie rurki może czasami wyrządzić krzywdę pacjentowi poddawanemu tej procedurze. Rzadko rurka może uszkodzić struny głosowe, prowadząc do problemów z mówieniem po wyjęciu pacjenta z respiratora. Innym razem rurka może przechodzić do przełyku zamiast do tchawicy, prowadząc do rozdarcia przełyku. Może to spowodować krwawienie w przewodzie pokarmowym, a także może powodować problemy z połykaniem po usunięciu rurki do oddychania.
Z czasem i przy niewłaściwej opiece nad zaintubowanymi pacjentami może dojść do infekcji płuc zwanej zapaleniem płuc. Często stan ten, będący jednym z powikłań intubacji, określany jest mianem zapalenia płuc związanego z wentylacją. Ten rodzaj infekcji rozwija się, ponieważ płuca zaintubowanych pacjentów są słabiej chronione w porównaniu z osobami oddychającymi normalnie, ponieważ powietrze jest pompowane bezpośrednio do płuc. Często te infekcje są trudne do leczenia, ponieważ są wywoływane przez oporne bakterie obecne w szpitalu.
Innym infekcyjnym powikłaniem intubacji jest zapalenie zatok, stan charakteryzujący się stanem zapalnym i podrażnieniem zatok. Ten efekt uboczny występuje, ponieważ drenaż jamy zatoki jest często upośledzony przez obecność rurki dotchawiczej. Pacjenci mogą mieć objawy tej infekcji lub nie. Jest to jednak ważne klinicznie, ponieważ infekcja jam zatok może powodować gorączkę. Badania obrazowe, takie jak tomografia komputerowa (CT), są przeprowadzane w celu identyfikacji zapalenia zatok.
Pacjenci, którzy muszą pozostawać z respiratorem przez dłuższy czas, mogą doświadczyć innych powikłań intubacji. Obecność plastikowej rurki prowadzącej z ust do płuc może uszkodzić chrząstkę podtrzymującą drogi oddechowe, zmniejszając jej integralność strukturalną. Różne części dróg oddechowych, w tym tchawica, mogą się zwężać ze względu na obecność rurki. W rezultacie u pacjentów może wystąpić świszczący oddech i duszność. Z tego powodu pacjenci, którzy powinni potrzebować pomocy w oddychaniu przez ponad tydzień, często są przełączani z intubacji przez usta na intubację przez tchawicę.