Czakry to punkty w i na ludzkim ciele, które tradycyjnie kojarzono z różnymi aspektami energii i sił życiowych. Uważa się, że każda z siedmiu czakr jest powiązana z określonym kolorem, a z kolei z pewnymi rodzajami kamieni szlachetnych czakry, które są określone przez kolor punktu centralnego. Uważa się, że nakładanie kamieni na odpowiednie części ciała pomaga wyrównać czakry jednostki ze światem zewnętrznym; ponieważ te wybory kamieni szlachetnych opierają się w dużej mierze na kolorze, szeroka gama jest akceptowana jako trafna.
Czakra korzenia jest powiązana z kręgosłupem i obszarem wokół dolnej części pleców i jest reprezentowana przez kolor czerwony. Dlatego wszystkie kamienie czakry związane z tym punktem centralnym są czerwone. Niektóre z najczęściej spotykanych to rubin, czerwony jaspis i granat, chociaż można również użyć różowych kamieni, takich jak rodochrozyt i kwarc różowy. Powyżej znajduje się czakra związana z pomarańczą oraz z narządami rozrodczymi i wnętrznościami. Karneol, opal ognisty, bursztyn i kwarc mandarynkowy są związane z tą czakrą sakralną.
W splocie słonecznym znajduje się trzecia czakra, manipura. Kamienie żółtej czakry, takie jak topaz, cytryn i bursztyn, są używane do leczenia dolegliwości skupionych na tej czakrze. Znajdująca się tuż nad nią na ciele czakra serca lub anahata jest być może zaskakująco kojarzona z zielenią. Istnieje wiele zielonych kamieni używanych w połączeniu z czakrą serca, w tym szmaragd, malachit, jadeit, zielony kwarc i chryzopraz. Czakra gardła jest niebieska, a kamienie takie jak lapis lazuli i szafiry są powszechnie używane w połączeniu z tym.
Czakra trzeciego oka, znajdująca się na czole, ma kolor indygo i jest powszechnie kojarzona z szafirami, azurytem i ametystem. Uważa się, że ostatnia czakra, korona, jest ściśle związana z kolorem fioletowym. Kamienie są podobne do tych używanych w przypadku czakry trzeciego oka, chociaż ważny jest odcień kamieni szlachetnych. Ciemniejsze fioletowe kamienie, takie jak obsydian, są odzwierciedleniem smutku, podczas gdy jasnofioletowe kamienie, takie jak ametyst, mogą reprezentować miłość jednostki do innych ludzi.
Różne kamienie czakry są używane do różnych celów. Kamienie indygo związane z czakrą trzeciego oka mogą być używane do zwiększenia głębokości medytacji, podczas gdy użycie żółtych kamieni na splocie słonecznym ma pomóc jednostce uporządkować myśli i skupić umysł. Ponieważ najważniejszy jest kolor kamienia, wybór kamieni można dostosować do indywidualnych potrzeb i gustów.