Leczenie brodawek narządów płciowych w ciąży często różni się nieco od leczenia osób niebędących w ciąży. Niektóre leki mogą nie być bezpieczne do stosowania w pochwie lub w pochwie, gdy kobieta jest w ciąży. Zamiast tego lekarze mogą zalecić takie zabiegi jak zamrażanie brodawek narządów płciowych, które określa się mianem krioterapii, lub usuwanie laserem. Lekarze mogą również zalecić leczenie miejscowym lekiem zwanym kwasem trichlorooctowym (TCA). Wiele innych powszechnie stosowanych terapii miejscowych jest niedostępnych, ponieważ mogą zaszkodzić nienarodzonemu dziecku kobiety.
Jedną z najczęściej stosowanych metod leczenia brodawek narządów płciowych w czasie ciąży jest krioterapia. Zabieg ten polega na zastosowaniu ciekłego azotu na brodawki narządów płciowych. Brodawki narządów płciowych są zamrażane, a następnie stopniowo rozmrażane. Po zabiegu tkanka tworząca brodawki narządów płciowych stopniowo obumiera i odpada. W wielu przypadkach jednak jeden zabieg krioterapii nie wystarczy, aby pozbyć się brodawek narządów płciowych; często konieczne są powtórne zabiegi.
Usuwanie laserowe jest również jednym z najczęstszych sposobów leczenia brodawek narządów płciowych w czasie ciąży. Podczas tego zabiegu intensywne światło koncentruje się na brodawkach. To niszczy tkankę brodawek, nie szkodząc rozwijającemu się dziecku. W większości przypadków laserowe usuwanie brodawek narządów płciowych można przeprowadzić bez uszkadzania otaczających tkanek ciała i może powodować mniejszy ból niż krioterapia. Może jednak okazać się droższą opcją i istnieje pewna szansa, że tkanka brodawek może w końcu powrócić.
TCA to leczenie miejscowe, które jest również stosowane w przypadku brodawek narządów płciowych w ciąży. Wiele innych miejscowych terapii nie jest stosowanych w czasie ciąży, ponieważ mogą być niebezpieczne dla nienarodzonego dziecka. Niestety, niektóre leki stosowane miejscowo mogą być wchłaniane przez skórę i powodować wady wrodzone.
Leczenie brodawek narządów płciowych nie pozwala jednak pozbyć się wirusa, który je powoduje. Oznacza to, że zabiegi mają na celu usunięcie tkanki brodawek, a nie wyleczenie pacjenta z brodawek narządów płciowych. Wirus może w końcu spowodować nowe brodawki i może zostać przeniesiony na inną osobę.
Niektóre kobiety mogą zdecydować się poczekać do porodu, zamiast decydować się na leczenie brodawek narządów płciowych w czasie ciąży. W niektórych przypadkach może się to udać. W innych jednak brodawki narządów płciowych mogą stać się na tyle duże, że utrudniają poruszanie się dziecka przez kanał rodny lub mogą powodować nadmierne krwawienie. W takim przypadku lekarz może zamiast tego zalecić cięcie cesarskie.