Η μετρονιδαζόλη και η κλινδαμυκίνη είναι και τα δύο αντιβιοτικά, αλλά έχουν διαφορές ως προς τη μέθοδο δράσης τους, τις παρενέργειές τους και τους τύπους λοίμωξης που συνήθως αντιμετωπίζουν. Αν και και τα δύο είναι αντιβιοτικά, η μετρονιδαζόλη είναι αποτελεσματική για λοιμώξεις που προκαλούνται από αναερόβια βακτήρια και διάφορα παρασιτικά πρωτόζωα. Η κλινδαμυκίνη είναι αποτελεσματική τόσο για αερόβιες όσο και για αναερόβιες βακτηριακές λοιμώξεις και για τα πρωτόζωα που προκαλούν ελονοσία. Η μετρονιδαζόλη παρεμβαίνει σε ορισμένες κυτταρικές λειτουργίες, προκαλώντας το θάνατο των βακτηρίων ή των παρασίτων. Η κλινδαμυκίνη δεν σκοτώνει τα βακτήρια, μάλλον τα εμποδίζει να αναπαραχθούν.
Και τα δύο φάρμακα είναι διαθέσιμα σε από του στόματος και τοπικές μορφές. Η μετρονιδαζόλη διατίθεται σε δισκία, κάψουλες, κρέμα, λοσιόν, γέλη και ενέσιμες μορφές. Εκτός από αυτές τις μορφές, η κλινδαμυκίνη διατίθεται επίσης σε πόσιμο εναιώρημα, τοπικό αφρό και σε διάλυμα για τη θεραπεία της ακμής. Συνδυασμοί κλινδαμυκίνης και άλλων φαρμάκων χρησιμοποιούνται επίσης για τη θεραπεία της ακμής.
Η κλινδαμυκίνη συνταγογραφείται για σοβαρές βακτηριακές λοιμώξεις. Αυτό το αντιβιοτικό αντιμετωπίζει λοιμώξεις του δέρματος, του αίματος, των εσωτερικών οργάνων και άλλες λοιμώξεις. Η κλινδαμυκίνη χρησιμοποιείται επίσης για οδοντικές λοιμώξεις ή για την πρόληψη λοιμώξεων της καρδιάς σε ορισμένους ασθενείς που υποβάλλονται σε οδοντιατρικές επεμβάσεις. Η μετρονιδαζόλη καταπολεμά τις αναερόβιες βακτηριακές λοιμώξεις στους πνεύμονες, τα έντερα, τις αρθρώσεις και τα πεπτικά όργανα. Επιπλέον, χρησιμοποιείται για τη θεραπεία ασθενειών που προκαλούνται από πρωτόζωα όπως η αμοιβάδα και η Giardia.
Οι παρενέργειες της μετρονιδαζόλης και της κλινδαμυκίνης έχουν κάποιες ομοιότητες, αλλά και αρκετές σημαντικές διαφορές. Όλα τα αντιβιοτικά μπορούν να προκαλέσουν αναστάτωση στην ευεργετική βακτηριακή χλωρίδα των εντέρων. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε διάρροια και εντερικές κράμπες. Η κλινδαμυκίνη, ωστόσο, έχει συνδεθεί με μια σοβαρή εντερική πάθηση που προκαλείται από ανθεκτικά στα φάρμακα βακτήρια. Μια υπερανάπτυξη ανθεκτικών βακτηρίων κατά τη διάρκεια και μετά τη θεραπεία μπορεί να οδηγήσει σε μια δυνητικά θανατηφόρα κατάσταση σε σπάνιες περιπτώσεις.
Τόσο η μετρονιδαζόλη όσο και η κλινδαμυκίνη προκαλούν συνήθως ήπια διάρροια, ναυτία και έμετο. Οι παρενέργειες της μετρονιδαζόλης επιδεινώνονται με τη χρήση αλκοόλ και μπορεί να οδηγήσουν σε σοβαρό hangover. Άλλες συχνές παρενέργειες της μετρονιδαζόλης περιλαμβάνουν μεταλλική γεύση στο στόμα, πονοκέφαλο και απώλεια όρεξης. Οι άνθρωποι δεν πρέπει να ξαπλώνουν αμέσως μετά τη λήψη κλινδαμυκίνης καθώς μπορεί να προκληθεί ναυτία, καούρα ή διάρροια. Συνιστάται στους ασθενείς να ενημερώνουν τους παρόχους υγειονομικής περίθαλψης για τυχόν ασυνήθιστα ή σοβαρά συμπτώματα ενώ λαμβάνουν οποιοδήποτε φάρμακο.
Τουλάχιστον μία μελέτη κατέληξε στο συμπέρασμα ότι η μετρονιδαζόλη και η κλινδαμυκίνη εμφάνισαν διαφορές στη βακτηριακή αντοχή κατά τη θεραπεία της βακτηριακής κολπίτιδας στις γυναίκες. Και οι δύο ομάδες μελέτης χρησιμοποίησαν ένα κολπικό παρασκεύασμα είτε μετρονιδαζόλης είτε κλινδαμυκίνης. Οι ερευνητές διαπίστωσαν ότι υπήρχε σημαντικά μεγαλύτερη βακτηριακή αντίσταση στην κλινδαμυκίνη σε γυναίκες που έλαβαν θεραπεία για βακτηριακή κολπίτιδα, ειδικά μετά την πορεία της θεραπείας. Υπήρχε πολύ χαμηλή επίπτωση βακτηριακής αντοχής στη μετρονιδαζόλη. Βρήκαν αύξηση στις συγκεντρώσεις Escherichia coli στην ομάδα που έλαβε θεραπεία με κλινδαμυκίνη, αλλά μια αύξηση στον ωφέλιμο Lactobacillus σε γυναίκες που έλαβαν μετρονιδαζόλη μετά το τέλος της θεραπείας.