Η ιστορία της ομοιοπαθητικής μπορεί να ανιχνευθεί στο 1779, όταν ο Δρ Samuel Hahnemann κέρδισε πτυχίο ιατρικής και άρχισε να πειραματίζεται με αραιωμένες ουσίες για τη θεραπεία ασθενειών. Αυτός ο Γερμανός γιατρός ανέπτυξε «τον νόμο των ομοίων», ο οποίος παρέμεινε η βασική προϋπόθεση σε όλη την ιστορία της ομοιοπαθητικής. Για να είναι αποτελεσματική μια θεραπεία, πρέπει να παράγει συμπτώματα της ίδιας της νόσου, θεωρούσε ο Hahemann κατά τη διάρκεια των 50 χρόνων άσκησης της ομοιοπαθητικής ιατρικής.
Η ομοιοπαθητική εξελίχθηκε από τυπικές θεραπείες που χρησιμοποιήθηκαν στα τέλη του 18ου αιώνα, οι οποίες ήταν γεμάτες δεισιδαιμονίες σχετικά με το γιατί αρρώστησαν οι άνθρωποι. Οι γιατροί της εποχής χρησιμοποιούσαν εμετούς, κλύσματα, αιμορραγία και βότανα για να απαλλάξουν το σώμα από ασθένειες. Πολλοί ασθενείς επιδεινώθηκαν και πέθαναν από αυτές τις θεραπείες.
Ο Δρ Hahnemann άρχισε να ενδιαφέρεται για την ιστορία της ομοιοπαθητικής ενώ μετέφραζε μια άλλη διδακτορική διατριβή στα γερμανικά. Πειραματίστηκε με αραιώσεις φλοιού κιγχόνας, μια αποδεκτή θεραπεία για την ελονοσία εκείνη την εποχή. Μετά από αρκετές ημέρες, ο Hahnemann ανέπτυξε πόνο και πυρετό, που θεωρούνται τα πρώιμα προειδοποιητικά σημάδια της ελονοσίας. Κατέληξε στο συμπέρασμα ότι ένα φάρμακο πρέπει να παράγει συμπτώματα της νόσου πριν γίνει αποτελεσματικό. Μερικοί γιατροί κατήγγειλαν αυτές τις θεωρίες, συμπεριλαμβανομένου του Αμερικανού ιατρού και συγγραφέα Oliver Wendell Holmes.
Τα ευρήματα του Hahnemann οδήγησαν στο άνοιγμα εκατοντάδων ομοιοπαθητικών νοσοκομείων και σχολείων σε όλο τον κόσμο. Η ομοιοπαθητική κέρδισε δημοτικότητα επειδή λιγότεροι άνθρωποι πέθαναν από αυτά τα λιγότερο τοξικά φάρμακα. Αυτή τη στιγμή στην ιστορία της ομοιοπαθητικής, οι παραδοσιακοί γιατροί εξακολουθούσαν να επικεντρώνονται στη μελέτη των ασθενειών και στις επιλογές για θεραπείες.
Στις αρχές του 20ου αιώνα, προέκυψαν ανακαλύψεις σχετικά με το πώς τα μικρόβια συμβάλλουν στις ασθένειες. Το ενδιαφέρον για την ομοιοπαθητική άρχισε να μειώνεται και τα σχολεία που διδάσκουν αυτή τη μορφή ιατρικής άρχισαν να κλείνουν. Μια αναζωπύρωση στη χρήση της ομοιοπαθητικής εμφανίστηκε τη δεκαετία του 1970, καθώς οι άνθρωποι άρχισαν να ενδιαφέρονται για ολιστικές προσεγγίσεις στις ασθένειες.
Οι σύγχρονες ομοιοπαθητικές πρακτικές χρησιμοποιούν περισσότερες από 3,000 θεραπείες για διάφορες παθήσεις. Η ομοιοπαθητική ορίζει τη θεραπεία ως τη χρήση μιας συγκεκριμένης ουσίας για τη θεραπεία ασθενειών, η οποία διαφέρει από την παραδοσιακή έννοια της χρήσης φαρμάκων για τη θεραπεία ασθενειών. Οι ουσίες μπορεί να προέρχονται από φυτά, μέταλλα, ζώα και συνθετικά προϊόντα που είναι πολύ αραιωμένα. Μερικοί επαγγελματίες συνταγογραφούν άρρωστα σωματικά υγρά, συμπεριλαμβανομένου του αίματος, των ούρων και των κοπράνων σε μικρές δόσεις, που ονομάζονται ρινοφόρα. Άλλες ομοιοπαθητικές θεραπείες χρησιμοποιούν το συλλεγμένο νερό της βροχής ως θεραπεία.
Στην Ινδία, η ιστορία της ομοιοπαθητικής χρονολογείται από το 1835, όταν ο Ρουμάνος γιατρός John Martin Honigberger κλήθηκε να θεραπεύσει έναν επιδραστικό μαχαραγιά για πρήξιμο στα πόδια και παράλυτες φωνητικές χορδές. Ο μαχαραγιάς θεραπεύτηκε και εντυπωσιάστηκε τόσο πολύ που διέταξε ομοιοπαθητική θεραπεία για ένα άλογο που έπασχε από έλκος στο πόδι. Ο Δρ Honigberger έγινε αργότερα γνωστός ως ειδικός στη θεραπεία της χολέρας στην Ινδία.