Ένα θερμοκήπιο μπορεί να αεριστεί με πολλούς διαφορετικούς τρόπους, αλλά ορισμένες μέθοδοι είναι πιο αποτελεσματικές από άλλες. Οι καλύτερες μέθοδοι αερισμού θερμοκηπίου επιτρέπουν στον αέρα να ανανεώνεται απαλά χωρίς να διαταράσσεται η τρυφερή βλάστηση στο εσωτερικό. Μία από τις απλούστερες μεθόδους αερισμού είναι ένας εξαερισμός σε στέγη ή τοίχο που επιτρέπει στο φυσικό αεράκι να ρέει μέσα από τη δομή. Οι αεραγωγοί που ανοίγουν και κλείνουν αυτόματα είναι επίσης μια καλή μέθοδος αερισμού του θερμοκηπίου. Οι ανεμιστήρες εξάτμισης και εσωτερικής κυκλοφορίας μπορούν να είναι ένας αποτελεσματικός τρόπος αερισμού και ενός θερμοκηπίου.
Ένας μόνος εξαερισμός τοποθετημένος στον τοίχο ή την οροφή είναι μία από τις λιγότερο δαπανηρές και καλύτερες μεθόδους αερισμού του θερμοκηπίου. Αυτό το είδος εξαερισμού επιτρέπει στον καθαρό αέρα να ρέει μέσα από τη δομή από μια ανοιχτή πόρτα ή παράθυρο. Αυτή η μέθοδος αερισμού θερμοκηπίου επιτρέπει στον αέρα να ρέει σταδιακά μέσα από το δωμάτιο και να απομακρύνει τη θερμότητα και την υγρασία. Τα μεγαλύτερα θερμοκήπια απαιτούν συνήθως μια σειρά από αεραγωγούς τοποθετημένες στρατηγικά κατά μήκος της οροφής ή των τοίχων. Οι αεραγωγοί τοίχου με περσίδες μπορούν να ανοίξουν χειροκίνητα για να παρέχουν πρόσθετη ροή αέρα όταν δεν φυσάει αεράκι.
Αυτόματοι αεραγωγοί ανοίγουν και κλείνουν όταν η θερμοκρασία στο εσωτερικό του θερμοκηπίου φτάσει σε ένα ορισμένο επίπεδο. Αυτή η μέθοδος αερισμού θερμοκηπίου λειτουργεί χωρίς ηλεκτρικό ρεύμα. Ένας προσαρτημένος κύλινδρος ανοίγει αυτόματα τον εξαερισμό όταν συγκεντρωθεί επαρκής ποσότητα θερμότητας γύρω του. Ο εξαερισμός κλείνει ξανά όταν ο αέρας μέσα στο θερμοκήπιο έχει κρυώσει. Οι αυτόματοι αεραγωγοί που λειτουργούν με ηλεκτρική ενέργεια ελέγχονται από έναν θερμοστάτη ή υγροστάτη προρυθμισμένο σε ένα συγκεκριμένο επίπεδο θερμοκρασίας ή υγρασίας.
Οι ανεμιστήρες εξάτμισης μπορούν επίσης να παρέχουν αερισμό του θερμοκηπίου τραβώντας εξωτερικό αέρα μέσα από τη δομή όταν δεν υπάρχει φυσικό αεράκι. Αυτοί οι ανεμιστήρες εγκαθίστανται συνήθως απέναντι από την πόρτα για να επιτρέπουν στον αέρα να ρέει πλήρως μέσα από τη δομή. Δεδομένου ότι ο αέρας από έναν ανεμιστήρα εξάτμισης φυσάει προς τα έξω, δεν ενοχλεί τα ευαίσθητα φυτά. Τα μικρά θερμοκήπια μπορούν συνήθως να αερίζονται μόνο με μία μονάδα τοίχου. Οι μεγαλύτερες κατασκευές ενδέχεται να απαιτούν έναν ή περισσότερους μεγάλους ανεμιστήρες εξάτμισης τοποθετημένους σε κάθε άκρο με αεραγωγούς με περσίδες στα πλευρικά τοιχώματα.
Οι ανεμιστήρες εξαγωγής μπορούν να ελέγχονται χειροκίνητα ή αυτόματα μέσω θερμοστάτη ή υγροστάτη. Μπορούν επίσης να αγοραστούν ανεμιστήρες εξάτμισης με ηλιακή ενέργεια για να συμβάλουν στη μείωση της κατανάλωσης ενέργειας. Αυτές οι μονάδες έχουν υψηλότερο αρχικό κόστος, αλλά συνήθως πληρώνουν για τον εαυτό τους με την πάροδο του χρόνου μειώνοντας τα έξοδα ηλεκτρικής ενέργειας. Ορισμένα θερμοκήπια χρησιμοποιούν έναν εσωτερικό ανεμιστήρα σε συνδυασμό με έναν ανεμιστήρα εξαγωγής για την περαιτέρω κυκλοφορία του αέρα και τη μείωση της θερμοκρασίας και της υγρασίας. Αυτή η μέθοδος αερισμού θερμοκηπίου βοηθά επίσης στην προώθηση της επικονίασης μεταξύ ορισμένων τύπων φυτών.