Οι πιο συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες της μικροδερμοαπόξεσης μπορεί να είναι ήπιος ερεθισμός του δέρματος, αύξηση της ακμής και λίγος αποχρωματισμός του δέρματος. Τα άτομα με ευαίσθητο δέρμα είναι συνήθως πιο επιρρεπή σε παρενέργειες μικροδερμοαπόξεσης από ό, τι τα άτομα που δεν έχουν ευαίσθητο δέρμα. Η παρενέργεια του αποχρωματισμού του δέρματος φαίνεται επίσης να είναι πιο έντονη σε άτομα που έχουν φυσικά πιο σκούρο δέρμα. Τα άτομα που έχουν μικροδερμοαπόξεση για να βοηθήσουν με τα συμπτώματα της ακμής και τα σημάδια ακμής μπορεί επίσης να έχουν περισσότερες εμφανίσεις από το συνηθισμένο για μερικές εβδομάδες μετά τη διαδικασία. Οι περισσότερες από τις παρενέργειες της μικροδερμοαπόξεσης είναι προσωρινές και ανακουφίζονται μόλις το δέρμα έχει προλάβει να επουλωθεί.
Είναι πιθανότατα πολύ λίγοι άνθρωποι που δεν αντιμετωπίζουν κάποιο ερεθισμό του δέρματος μετά από μικροδερμοαπόξεση. Όταν γίνεται μικροδερμοαπόξεση, αφαιρείται ολόκληρο το ανώτερο στρώμα του δέρματος. Αυτό συνήθως προκαλεί ερεθισμό του δέρματος που πολλοί άνθρωποι θα έβρισκαν παρόμοιο με ένα ηλιακό έγκαυμα. Η ερυθρότητα, ο κνησμός και το ξεφλούδισμα ή το ξεφλούδισμα του δέρματος είναι παρενέργειες της μικροδερμοαπόξεσης που συχνά αναφέρονται από άτομα που μόλις έκαναν τη διαδικασία. Μόλις το δέρμα είχε την ευκαιρία να επουλωθεί, αυτές οι παρενέργειες τυπικά εξαφανίζονται.
Πολλοί άνθρωποι κάνουν μικροδερμοαπόξεση για να βοηθήσουν στην ακμή τους. Για το λόγο αυτό, μπορεί να είναι έκπληξη για αυτούς τους ανθρώπους όταν η ακμή τείνει να επιδεινωθεί αμέσως μετά από μια διαδικασία μικροδερμοαπόξεσης. Παρόλο που η μικροδερμοαπόξεση μπορεί συχνά να βοηθήσει σημαντικά τόσο την ακμή όσο και τις ουλές ακμής, η ακμή τείνει να γίνει χειρότερη αμέσως μετά τη διαδικασία λόγω του τραύματος στο δέρμα και επειδή η μικροδερμοαπόξεση βοηθά στο ξεκλείδωμα των πόρων. Όταν οι πόροι ξεμπλοκάρουν από τη μικροδερμοαπόξεση, τα βακτήρια συνήθως απελευθερώνονται από τους πόρους και αυτά τα βακτήρια μπορεί να παραμείνουν στην επιφάνεια του δέρματος, αυξάνοντας προσωρινά την πιθανότητα σχηματισμού κηλίδων ακμής. Οι περισσότεροι άνθρωποι αναφέρουν ότι αυτή η παρενέργεια της μικροδερμοαπόξεσης εξαφανίζεται μέσα σε λίγες εβδομάδες μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας.
Ο αποχρωματισμός του δέρματος θα μπορούσε να είναι ο πιο προβληματικός από όλες τις παρενέργειες της μικροδερμοαπόξεσης. Οι άνθρωποι που έχουν πιο ανοιχτό δέρμα συνήθως δεν αντιμετωπίζουν αυτό το πρόβλημα σε μεγάλο βαθμό, αλλά τα άτομα με πιο σκούρο δέρμα το κάνουν συχνά. Μετά τη μικροδερμοαπόξεση, ένα άτομο με σκούρο δέρμα μπορεί να παρατηρήσει ότι έχει κάποια ελαφριά μπαλώματα εκεί που δεν υπήρχαν πριν. Αυτός ο αποχρωματισμός συχνά δεν είναι μόνιμος, αλλά μπορεί να επιμείνει για πολύ καιρό πριν ο τόνος του δέρματος επανέλθει στο φυσιολογικό. Πολλοί άνθρωποι είναι σε θέση να αντιμετωπίσουν αυτή την παρενέργεια χρησιμοποιώντας το foundation στο δέρμα τους για να του δώσουν ένα πιο ομοιόμορφο χρώμα.