Οι παρενέργειες της χλωρεξιδίνης είναι ποικίλες επειδή αυτό το αντισηπτικό χρησιμοποιείται σε μια ποικιλία παρασκευασμάτων. Βρίσκεται συνήθως σε ορισμένα στοματικά διαλύματα, σε σαπούνια ή υγρά για χειρουργικά παρασκευάσματα και σε διαλύματα για φακούς επαφής. Εκτός εάν ένα άτομο έχει συστηματική αντίδραση στην ουσία, όπως αναφυλακτικό σοκ, οι περισσότερες αντιδράσεις συμβαίνουν τοπικά, όπου η χλωρεξιδίνη έρχεται σε επαφή με το σώμα. Εάν παρουσιαστεί ανεπιθύμητη ενέργεια, οι στοματικές εκπλύσεις τείνουν να προκαλούν συμπτώματα στο στόμα, τα σαπούνια προκαλούν δερματικές αντιδράσεις και τα διαλύματα φακών επαφής ή χειρουργικής επέμβασης στα μάτια είναι πιθανό να επηρεάσουν τα μάτια.
Οποιοσδήποτε έχει αλλεργία σε αυτή τη χημική ουσία μπορεί να εμφανίσει συστηματική αντίδραση στη χρήση της σε οποιαδήποτε μορφή. Τα σημάδια αυτής της πιο σπάνιας παρενέργειας της χλωρεξιδίνης περιλαμβάνουν δυσκολία στην αναπνοή και κνίδωση. Το πρήξιμο του στόματος, του προσώπου και της γλώσσας είναι επίσης συχνό. Αυτά τα συμπτώματα απαιτούν άμεση ιατρική φροντίδα.
Σε άλλες περιπτώσεις, οι παρενέργειες της χλωρεξιδίνης τείνουν να εμφανίζονται στην περιοχή όπου εμφανίζεται η έκθεση. Τα στοματικά ξεπλύματα, για παράδειγμα, έχουν παρατηρηθεί για παρενέργειες όπως αυξημένη πλάκα, καφέ ή μαύρο λεκέ στα δόντια και πληγές στο στόμα. Τα τρόφιμα και τα ποτά μπορεί να έχουν διαφορετική γεύση ή να εμφανιστούν ανεπιθύμητες ενέργειες όπως λευκή γλώσσα ή αιμορραγία ούλων. Η κατάποση του στοματικού διαλύματος, η οποία δεν συνιστάται, μπορεί επίσης να προκαλέσει στομαχικά συμπτώματα όπως γαστρεντερικές διαταραχές και πόνο, ή σε σπάνιες περιπτώσεις, κολίτιδα.
Οι παρενέργειες της χλωρεξιδίνης που σχετίζονται με την επαφή με το δέρμα περιλαμβάνουν συχνά εξάνθημα. Μερικοί ασθενείς σημειώνουν κάψιμο ή ξεφλούδισμα του δέρματος. Εναλλακτικά, η επαναλαμβανόμενη χρήση θα μπορούσε να προκαλέσει συνεχή ερεθισμό ή φαγούρα. Μερικοί άνθρωποι αναπτύσσουν δερματίτιδα εξ επαφής από τακτική χρήση και πρέπει να στραφούν σε σαπούνι που δεν έχει αυτό το συστατικό. Τα ζώα μπορεί επίσης να έχουν ερεθισμό του δέρματος από τη χλωρεξιδίνη, επειδή η χημική ουσία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον καθαρισμό πληγών στην κτηνιατρική πρακτική.
Ορισμένοι οφθαλμίατροι χρησιμοποιούν σκευάσματα με χλωρεξιδίνη για να καθαρίσουν και να προετοιμάσουν τα μάτια για χειρουργική επέμβαση. Αυτά μπορεί να σχετίζονται με υψηλότερο κίνδυνο παρενεργειών επειδή η χημική ουσία υπάρχει σε μεγαλύτερες ποσότητες. Ορισμένες ανεπιθύμητες ενέργειες που σχετίζονται με την έκθεση περιλαμβάνουν έλκη κερατοειδούς, πόνο στα μάτια ή ερεθισμό και πρήξιμο του επιπεφυκότα, της βλεννογόνου μεμβράνης που καλύπτει το λευκό των ματιών. Σε σπάνιες περιπτώσεις, η βλάβη στα μάτια μπορεί να απαιτήσει αποκατάσταση του κερατοειδούς.
Η ποσότητα αυτής της χημικής ουσίας που χρησιμοποιείται σε διαλύματα φακών επαφής είναι μικρότερη. Ωστόσο, ορισμένοι εμφανίζουν παρενέργειες από τη χλωρεξιδίνη, συμπεριλαμβανομένου του πόνου στα μάτια ή του ερεθισμού των ματιών. Εάν αυτά τα συμπτώματα συνεχιστούν, συνιστάται στους ανθρώπους να μιλήσουν με γιατρούς ή, τουλάχιστον, να στραφούν σε διάλυμα φακών επαφής που δεν περιέχει χλωρεξιδίνη.