Όλα τα υδρομασάζ πρέπει να καθαρίζονται και να προστατεύονται από βακτήρια και μούχλα. Τις περισσότερες φορές, χρησιμοποιούνται καυστικές χημικές ουσίες για την επίτευξη αυτού του στόχου και ορισμένες από αυτές τις χημικές ουσίες μπορεί να ερεθίσουν το δέρμα και τα μάτια ή να προκαλέσουν άλλα προβλήματα υγείας. Τα φυσικά προϊόντα υδρομασάζ λύνουν αυτό το πρόβλημα διατηρώντας το υδρομασάζ καθαρό και χωρίς βακτήρια χρησιμοποιώντας φυσικά συστατικά και όχι συνθετικά ή καυστικά χημικά. Ενώ χημικές ουσίες όπως το χλώριο και το βρώμιο χρησιμοποιούνται συχνά για να διατηρούν τις μπανιέρες καθαρές, ένα φυσικό προϊόν υδρομασάζ που αποτελεί εναλλακτική λύση σε αυτές τις χημικές ουσίες είναι το ασήμι υδρομασάζ, το οποίο είναι ένα φυσικό ορυκτό υγρό.
Η κατοχή ενός υδρομασάζ σημαίνει ότι κάποιος πρέπει να ρυθμίσει το επίπεδο pH στην μπανιέρα. Το επίπεδο pH είναι μια μέτρηση του πόσο όξινο ή βασικό είναι το νερό στην μπανιέρα. Διατίθενται φυσικά προϊόντα υδρομασάζ για την ασφαλή ρύθμιση του επιπέδου pH ρυθμίζοντας την αλκαλικότητα του νερού. Αντικαθιστούν τα προϊόντα spa-up, τα οποία ανεβάζουν το επίπεδο αλκαλικότητας προς τα πάνω, και τα προϊόντα spa-down, τα οποία προσαρμόζουν την αλκαλικότητα προς τα κάτω. Για ένα φυσικό υδρομασάζ εναλλακτικό του spa-up, μπορεί κανείς να χρησιμοποιήσει προϊόντα που περιέχουν μαγειρική σόδα και όχι άλλες καυστικές και δυνητικά τοξικές χημικές ουσίες. Για να αντικαταστήσει το σπα, η βιταμίνη C μπορεί να κάνει τη δουλειά.
Πολλά φυσικά καθαριστικά υδρομασάζ χρησιμοποιούν ένζυμα φυκιών για τον καθαρισμό και την απολύμανση αντί για χλώριο και βρώμιο. Τέτοια ένζυμα καταλύουν χημικές αντιδράσεις, και σε υδρομασάζ, τα ένζυμα των φυκιών προσελκύουν λάδια και άλλα απόβλητα στην μπανιέρα. Το ένζυμο στη συνέχεια βοηθά στη διάλυση τέτοιων προϊόντων, καθαρίζοντας ουσιαστικά τη μπανιέρα. Αποτρέπει επίσης τη συσσώρευση ορυκτών στην μπανιέρα, αφήνοντας τα πλαϊνά της μπανιέρας καθαρότερα και πιο υγιεινά. Τα ένζυμα των φυκιών είναι μη τοξικά, που σημαίνει ότι είναι ασφαλή στην επαφή και δεν θα προκαλέσουν φαγούρα, κάψιμο ή ξηρότητα του δέρματος όπως άλλα χημικά προϊόντα.
Εάν το υδρομασάζ περιείχε προϊόντα που δεν ήταν φυσικά και ο ιδιοκτήτης έχει αποφασίσει να στραφεί σε φυσικά προϊόντα υδρομασάζ, θα χρειαστεί εκκαθάριση του συστήματος νερού. Οι χημικές ουσίες, ιδιαίτερα το βρώμιο, θα συσσωρευτούν σε φίλτρα και σωλήνες σε όλη τη μπανιέρα, πράγμα που σημαίνει ότι όταν η μπανιέρα ξαναγεμιστεί και τα φυσικά προϊόντα υδρομασάζ τοποθετηθούν στο νερό, ενδέχεται να υπάρχουν ακόμα τοξικές χημικές ουσίες. Τα μη τοξικά και φυσικά προϊόντα καθαρισμού σπα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον καθαρισμό των σωλήνων και των φίλτρων από βρώμιο και χλώριο, διασφαλίζοντας ότι το νερό θα είναι καθαρό από τοξικές χημικές ουσίες μόλις προστεθούν φυσικά προϊόντα και θεραπείες σπα στο νερό. Μπορεί να χρειαστούν περισσότερες από μία εκκαθαρίσεις για να επιτευχθεί αυτό.