Οι καλύτεροι τρόποι αποθήκευσης κιβωτίων συνήθως εξαρτώνται από τον τύπο των κουτιών που αποθηκεύονται, το μέρος που αποθηκεύονται και εάν γεμίζουν κατά την αποθήκευση. Τα κουτιά από χαρτόνι συνήθως αποθηκεύονται καλύτερα με το να τα ισοπεδώνετε και στη συνέχεια είτε να τα στοιβάζετε είτε να τα αποθηκεύετε στα πλάγια. Όταν αποθηκεύετε κουτιά σε εξωτερικό χώρο ή σε μέρος που μπορεί να είναι ευάλωτο στα στοιχεία, όπως η βροχή, θα πρέπει να αποθηκεύονται με τρόπο που να τα προστατεύει από ζημιές. Για να αποθηκεύσετε γεμάτα κουτιά, είναι συχνά καλύτερο να στοιβάζετε τα κουτιά το ένα πάνω στο άλλο με τρόπο που να αποτρέπει τη ζημιά στο περιεχόμενο.
Υπάρχουν διάφορες μέθοδοι που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την αποθήκευση κουτιών, συνήθως ανάλογα με τα υλικά από τα οποία κατασκευάζονται τα κουτιά. Τα χάρτινα κουτιά, για παράδειγμα, μπορούν να ισιωθούν ανοίγοντάς τα, κάτι που μπορεί να απαιτεί κοπή μέσω ταινίας. Αυτό κάνει την αποθήκευση πολύ πιο εύκολη και επιτρέπει στα κουτιά να καταλαμβάνουν λιγότερο χώρο κατά την αποθήκευση. Τα πλαστικά κουτιά, από την άλλη πλευρά, συχνά μπορούν απλά να στοιβάζονται μεταξύ τους. Ορισμένα συστήματα αποθήκευσης έχουν σχεδιαστεί με κουτιά διαφορετικών μεγεθών, οπότε κάποιος μπορεί να αποθηκεύσει τα κουτιά το ένα μέσα στο άλλο για να απαιτούν λιγότερο χώρο.
Για να αποθηκεύετε κουτιά σε εξωτερικούς χώρους, όπως σε υπόστεγο ή σε απομονωμένο γκαράζ, είναι συχνά καλύτερο να εξετάζετε πιθανές πηγές ζημιάς. Τα κουτιά από χαρτόνι πρέπει συνήθως να αποθηκεύονται στο έδαφος. Χρησιμοποιώντας μερικές ξύλινες σανίδες για να φτιάξετε μια υπερυψωμένη πλατφόρμα μπορεί να αποτρέψετε τα κουτιά από ζημιά από το νερό. Αυτό είναι ιδιαίτερα σημαντικό όταν κάποιος επιθυμεί να αποθηκεύσει κουτιά σε εξωτερικούς χώρους που έχουν ακόμα αντικείμενα μέσα τους.
Ο καλύτερος τρόπος για να αποθηκεύσετε κουτιά που εξακολουθούν να χρησιμοποιούνται είναι συνήθως να στοιβάζετε τα κουτιά το ένα πάνω στο άλλο. Αυτό πρέπει να γίνεται συνήθως με τα μεγαλύτερα και βαρύτερα κουτιά στο κάτω μέρος, και διαδοχικά ελαφρύτερα και μικρότερα κουτιά πάνω από αυτά. Τα βαρύτερα κουτιά πάνω από τα ελαφρύτερα κουτιά μπορεί να οδηγήσουν σε σύνθλιψη και ζημιά των περιεχομένων του κουτιού του αναπτήρα και τα μεγαλύτερα κουτιά πάνω από μικρότερα κουτιά μπορεί να έχουν ως αποτέλεσμα την πτώση της στοίβας. Τα πλαστικά κουτιά σχεδιάζονται συχνά με πυθμένα που μπορούν να στοιβάζονται πιο εύκολα πάνω από τα καπάκια τέτοιων κουτιών, καθιστώντας αυτά τα κουτιά όχι μόνο πιο ανθεκτικά από το χαρτόνι, αλλά και ευκολότερη στοίβαξη με ασφάλεια.