Η ενδοσκόπηση είναι μια διαδικασία που επιτρέπει σε έναν ιατρό να δει το εσωτερικό της γαστρεντερικής οδού ενός ατόμου, από τον οισοφάγο μέσω των εντέρων. Παρόλο που δεν πρόκειται για χειρουργική επέμβαση, εξακολουθούν να υπάρχουν κίνδυνοι ενδοσκόπησης, συμπεριλαμβανομένης της αιμορραγίας και της μόλυνσης στις περιοχές όπου ανιχνεύει η κάμερα. Το σώμα μπορεί να έχει μια αντίδραση κατά τη διάρκεια της διαδικασίας που περιλαμβάνει ακανόνιστο καρδιακό παλμό και πόνο στο στήθος. Καθώς το άτομο πρέπει να απέχει από το φαγητό ή το ποτό για έως και οκτώ ώρες πριν από τη διαδικασία, υπάρχει επίσης κίνδυνος αφυδάτωσης.
Κατά τη διάρκεια της άνω ενδοσκόπησης, μια μικρή κάμερα και ένας μακρύς σωλήνας εισάγονται στο στόμα του ατόμου και στη συνέχεια ωθούνται απαλά μέσω του πεπτικού συστήματος. Ένας από τους κινδύνους της ενδοσκόπησης περιλαμβάνει την καταστροφή των μαλακών ιστών του οισοφάγου, του στομάχου ή των εντέρων. Σε σπάνιες περιπτώσεις, υπήρξαν άτομα στα οποία η κάμερα είχε σχίσει ένα τμήμα του γαστρεντερικού σωλήνα. Εάν συμβεί αυτό, γενικά απαιτείται χειρουργική επέμβαση για να διορθωθεί. Υπάρχει επίσης η πιθανότητα σωματίδια ή σάλιο να εισέλθουν στην τραχεία και στους πνεύμονες του ατόμου δίπλα στην κάμερα, με αποτέλεσμα να δυσκολεύεται στην αναπνοή.
Ακόμα κι αν δεν τα σκίσει, η κάμερα μπορεί να ερεθίσει τους ιστούς από τους οποίους σπρώχνει. Μπορεί να υπάρχει κάποια επιφανειακή αιμορραγία, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε διαρροή αίματος στο στομάχι. Λόγω της φύσης του γαστρεντερικού συστήματος, ακόμη και οι επιφανειακές πληγές μπορεί να χρειαστούν κάποιο χρόνο για να επουλωθούν. Με αυτά τα τραύματα συνδέεται ο κίνδυνος μόλυνσης. Η μόλυνση μπορεί να προέλθει είτε από την κάμερα είτε από ζημιά που προκαλείται από την κάμερα.
Ένας άλλος από τους πιθανούς κινδύνους της ενδοσκόπησης είναι μια φυσική αντίδραση κατά τη διάρκεια της διαδικασίας. Καθώς η κάμερα εισάγεται κάτω από το λαιμό, το αντανακλαστικό φίμωσης του ατόμου πρέπει να ξεπεραστεί. Όπως με κάθε ηρεμιστικό, υπάρχει η πιθανότητα ο οργανισμός να έχει αλλεργική αντίδραση στο φάρμακο.
Υπάρχει επίσης ο κίνδυνος το σώμα να επιδείξει άλλες ακούσιες αντιδράσεις στη διαδικασία. Μπορεί να αναπτυχθούν πόνοι στο στήθος και ακανόνιστος καρδιακός παλμός. Παρόλο που το άτομο μπορεί ακόμα να αναπνεύσει, μπορεί να αισθάνεται δύσπνοια.
Μετά τη διαδικασία, υπάρχουν αρκετοί σπάνιοι αλλά πιθανοί κίνδυνοι ενδοσκόπησης. Μπορεί να συνεχιστούν οι πόνοι στο στήθος και στην κοιλιά ακόμα και μετά την αφαίρεση της κάμερας. Το άτομο μπορεί να έχει μια τραχιά, γρατσουνιά στο λαιμό και το στήθος του, που μπορεί να έχει ως αποτέλεσμα δυσκολία ή πόνο κατά την κατάποση. Οποιοδήποτε από αυτά τα συμπτώματα που αναπτύσσεται μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας μπορεί να υποδηλώνει πρόβλημα στο γαστρεντερικό σωλήνα που προκαλείται από την κάμερα ή το σωληνάριο κατά τη διάρκεια της διαδικασίας.
Παρόμοιοι δυνητικοί κίνδυνοι ενδοσκόπησης έχουν συσχετιστεί με διαδικασίες χαμηλότερης ενδοσκόπησης. Η αιμορραγία και η μόλυνση είναι από τις πιο κοινές, αλλά ακόμη και αυτές είναι σπάνιες. Οι επιπλοκές που αναπτύσσονται μετά τη διαδικασία είναι επίσης εξαιρετικά σπάνιες.