Η ελονοσία αντιμετωπίζεται με μια κατηγορία φαρμάκων που είναι γνωστά, χωρίς έκπληξη, ως ανθελονοσιακά. Τα ανθελονοσιακά φάρμακα έχουν σχεδιαστεί για να επιτίθενται στα παράσιτα που προκαλούν την ασθένεια, εμποδίζοντάς τα να εξαπλωθούν ενώ ταυτόχρονα τα σκοτώνουν, ώστε να μην μπορούν να συνεχίσουν να προκαλούν μόλυνση. Η επιτυχία της θεραπείας ποικίλλει, ανάλογα με το στέλεχος της ελονοσίας που έχει ο ασθενής, εάν τα παράσιτα είναι ανθεκτικά στα φάρμακα ή όχι και εάν ο ασθενής είναι σε θέση ή όχι να ολοκληρώσει την πορεία των φαρμάκων που χρειάζονται.
Αυτή η λοίμωξη που μεταδίδεται από τα κουνούπια ταλαιπωρεί τους ανθρώπους εδώ και αιώνες, μέχρι που η ανακάλυψη της κινίνης επέτρεψε στους γιατρούς να θεραπεύσουν ασθενείς που έπασχαν από την ασθένεια. Ωστόσο, στελέχη ανθεκτικά στην κινίνη αναπτύχθηκαν γρήγορα, αναγκάζοντας τους ερευνητές να εργαστούν σε νέες κατηγορίες φαρμάκων για τη θεραπεία της ελονοσίας. Αυτή η μάχη μεταξύ ερευνητών και παρασίτων συνεχίζεται μέχρι σήμερα και οι φαρμακευτικές εταιρείες ερευνούν συνεχώς νέες θεραπείες.
Εάν ένας ασθενής έχει αυτό που είναι γνωστό ως μη επιπλεγμένη ελονοσία, μπορεί να αντιμετωπιστεί ως εξωτερικός ασθενής, ιδανικά εντός 24 ωρών από την εμφάνιση των συμπτωμάτων. Το αίμα του ασθενούς θα ελεγχθεί για να προσδιοριστεί το στέλεχος που προκαλεί τη μόλυνση και στη συνέχεια θα συνταγογραφηθεί κατάλληλη φαρμακευτική αγωγή από το στόμα. Οι επαγγελματίες του ιατρικού κλάδου πρέπει να λαμβάνουν υπόψη το ιατρικό ιστορικό του ασθενούς, μαζί με οποιαδήποτε άλλα φάρμακα που μπορεί να λάβει ο ασθενής, προτού αποφασίσουν ποιο ανθελονοσιακό θα χρησιμοποιήσει.
Στην περίπτωση ασθενών με σοβαρή ελονοσία, απαιτείται νοσηλεία και τα φάρμακα χορηγούνται ενδοφλεβίως ή μέσω υπόθετου. Ορισμένα φάρμακα που χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία αυτής της μορφής της νόσου περιλαμβάνουν τους συνδυασμούς σουλφαδοξίνη/πυριμεθαμίνη και ατοβακουόνη/προγουανίλη, καθώς και υδροχλωρική μεφλοκίνη, θειική κινίνη, χλωροκίνη, δοξυκυκλίνη, πριμακίνη και παράγωγα αρτεμισίνης. Το κόστος αυτών των φαρμακευτικών θεραπειών ποικίλλει, και αυτό είναι ένα άλλο ζήτημα στη θεραπεία, καθώς είναι σημαντικό για τους ασθενείς να ολοκληρώσουν τη λήψη ολόκληρης της φαρμακευτικής αγωγής. Διαφορετικά, θα μπορούσαν να αναπτύξουν ελονοσία ανθεκτική στα φάρμακα.
Ο καλύτερος τρόπος για τη θεραπεία της ελονοσίας, φυσικά, είναι η πρόληψη της. Τα προφυλακτικά φάρμακα συνιστώνται ανεπιφύλακτα σε άτομα που ζουν ή ταξιδεύουν σε περιοχές όπου η ασθένεια είναι ενδημική, αλλά δυστυχώς πολλοί άνθρωποι στις αναπτυσσόμενες χώρες δεν μπορούν να αντέξουν οικονομικά μαθήματα προφυλακτικών φαρμάκων. Ορισμένοι φιλανθρωπικοί οργανισμοί παρέχουν τέτοια φάρμακα δωρεάν σε κοινότητες στον αναπτυσσόμενο κόσμο, αλλά είναι δύσκολο να επιτευχθεί πλήρης κάλυψη σε περιοχές όπως η υποσαχάρια Αφρική και η Νοτιοανατολική Ασία. Ο κίνδυνος ελονοσίας μπορεί επίσης να μειωθεί με τη χρήση κουνουπιών για την κάλυψη κρεβατιών, την προστασία των παραθύρων και τη χρήση εντομοαπωθητικού για να κρατήσετε μακριά τα κουνούπια και άλλα έντομα.