Ίσως ο καλύτερος τρόπος για να απολυμάνετε ένα σπα είναι να το αδειάζετε μετά από κάθε χρήση, αλλά αυτό συνήθως δεν είναι δυνατό, ούτε είναι φιλικό προς το περιβάλλον. Τα βακτήρια από τους λουόμενους μπορούν να αναπτυχθούν στη μπανιέρα, επομένως θα είναι απαραίτητο να χρησιμοποιήσετε ένα απολυμαντικό σπα για να σκοτώσετε δυνητικά επιβλαβή βακτήρια και να διατηρήσετε τη σωστή λειτουργία του εξοπλισμού του σπα. Το χλώριο είναι ίσως το πιο συχνά χρησιμοποιούμενο απολυμαντικό σπα και, ενώ είναι αποτελεσματικό στη θανάτωση βακτηρίων, μπορεί να είναι σκληρό για το δέρμα και τα μάτια. Άλλες επιλογές όπως το βρώμιο είναι επίσης διαθέσιμες, και το βρώμιο δεν είναι τόσο καυστικό στο δέρμα όσο το χλώριο.
Το χλώριο ως απολυμαντικό σπα είναι αρκετά φθηνό και είναι εύκολο να προστεθεί στο σπα γρήγορα και αποτελεσματικά. Θα σκοτώσει τα περισσότερα από τα βακτήρια στην μπανιέρα και μπορεί ακόμη και να καθαρίσει το θολό νερό σε κάποιο βαθμό. Όποιος έχει κάνει μπάνιο σε υδρομασάζ ή πισίνα, ωστόσο, θα αναγνωρίσει τη χαρακτηριστική μυρωδιά του χλωρίου. Η οσμή αυτού του απολυμαντικού σπα μπορεί να είναι συντριπτική και δυσάρεστη και το χλώριο είναι πιθανό να στεγνώσει το δέρμα των λουόμενων, οδηγώντας σε κνησμό και ακόμη και ερυθρότητα. Το χλώριο μπορεί επίσης να προκαλέσει αίσθηση καψίματος στα μάτια, έτσι πολλοί λουόμενοι προσπαθούν να αποφύγουν το χλώριο όποτε είναι δυνατόν.
Το βρώμιο είναι μια καλή εναλλακτική του χλωρίου ως απολυμαντικό σπα. Είναι επίσης αρκετά φθηνό και εύκολο να προστεθεί στο νερό του σπα, και σε αντίθεση με το χλώριο, το βρώμιο θα παραμείνει ενεργό στο νερό για πολύ μεγαλύτερο χρονικό διάστημα. Ενώ το βρώμιο μπορεί να έχει μια μυρωδιά, συνήθως δεν είναι τόσο συντριπτική όσο αυτή του χλωρίου. Ίσως το μεγαλύτερο μειονέκτημα για το βρώμιο είναι η τάση του να μειώνει το επίπεδο pH του νερού. Αυτό σημαίνει ότι ο ιδιοκτήτης του σπα ή το άτομο που συντηρεί τη μονάδα θα χρειαστεί να αφιερώσει περισσότερο χρόνο για να παρακολουθεί το νερό του σπα και να προσαρμόζει το επίπεδο pH για να το διατηρεί ασφαλές και άνετο.
Οι καθαριστές ορυκτών είναι σχετικά νέες επιλογές απολυμαντικών σπα και είναι λιγότερο καυστικοί στο δέρμα, για να μην αναφέρουμε εξαιρετικά μεγάλη διάρκεια. Αυτοί οι τύποι απολυμαντικών συνήθως έρχονται σε μορφή ραβδιού και εισάγονται στα φίλτρα του σπα. Ένα από τα μεγαλύτερα μειονεκτήματα αυτού του τύπου απολυμαντικού σπα είναι το κόστος: οι καθαριστές ορυκτών είναι πιθανό να είναι πολύ πιο ακριβοί από το χλώριο και το βρώμιο. Αν και μπορούν να είναι αποτελεσματικά στη θανάτωση βακτηρίων, είναι πιο πιθανό να ξεπεραστούν από το χλώριο και το βρώμιο, πράγμα που σημαίνει ότι το νερό μπορεί να μην είναι τόσο αξιόπιστα καθαρό.