Ένα ψηφιακό μικροσκόπιο είναι ένα από τα δύο σχέδια: είτε είναι ένα σετ με δύο βασικά εξαρτήματα, το ένα οπτικό μικροσκόπιο και το άλλο μια βιντεοκάμερα ή ψηφιακή φωτογραφική μηχανή με συσκευή σύζευξης φόρτισης (CCD). Ή είναι μια ενσωματωμένη μονάδα που συνδυάζει μικροσκόπιο και κάμερα. Και στις δύο περιπτώσεις, η συσκευή καθιστά δυνατή την έξοδο ως ψηφιακή εικόνα της όψης που φαίνεται μέσα από το μικροσκόπιο. Το ποιο είναι το καλύτερο για εσάς θα εξαρτηθεί εν μέρει από το εάν έχετε ήδη ένα μικροσκόπιο που θέλετε να μετατρέψετε σε ψηφιακό μικροσκόπιο και εν μέρει από τη χρήση ή το εύρος των χρήσεων στις οποίες θέλετε να τοποθετήσετε το εργαλείο.
Ένα ψηφιακό μικροσκόπιο είναι χρήσιμο για πολλούς σκοπούς. Πρώτον, η λήψη της προβολής επιτρέπει την αποθήκευση εικόνων για σκοπούς τήρησης αρχείων και μετάδοσης. Η εικόνα μπορεί να αποθηκευτεί, να κοινοποιηθεί σε έγγραφα ή να μεταδοθεί μέσω του Διαδικτύου. Δεύτερον, μια προβαλλόμενη όψη μπορεί να σώσει τον εξεταστή από το να σκύψει πάνω από το μικροσκόπιο για μεγάλο χρονικό διάστημα. Τρίτον, η μεγαλύτερη προβαλλόμενη εικόνα μπορεί να κάνει εμφανή ορισμένα πράγματα που δεν ήταν τόσο προφανή κοιτάζοντας μέσα από το μικροσκόπιο. Τέταρτον, η προβολή της προβολής διευκολύνει την κοινή χρήση της προβολής με πολλά άλλα άτομα ταυτόχρονα.
Μερικά μονόφθαλμα οπτικά μικροσκόπια είναι σχεδιασμένα για την ψηφιακή ή βιντεοκάμερα ώστε να εφαρμόζουν πάνω από το ένα προσοφθάλμιο, και μερικά τριόφθαλμα μικροσκόπια είναι κατασκευασμένα έτσι ώστε η κάμερα οποιουδήποτε τύπου να προσαρμόζεται στον τρίτο προσοφθάλμιο φακό που είναι ειδικά σχεδιασμένος για αυτόν τον σκοπό. Ορισμένα ψηφιακά μικροσκόπια συνοδεύονται από τα εξαρτήματα όταν αγοράζονται για πρώτη φορά, ενώ άλλα κατασκευάζονται με την προσθήκη της κάμερας και —αν χρειάζεται— ενός ζεύκτη για να τη συγκρατήσετε, αργότερα. Με αυτά τα προσαρτήματα, το αποτέλεσμα θα ήταν ένα ψηφιακό μικροσκόπιο.
Ένα ενσωματωμένο ψηφιακό μικροσκόπιο διαφέρει ως προς την κατασκευή από ένα οπτικό μικροσκόπιο στο ότι δεν διαθέτει προσοφθάλμιο. Αντί να είναι προϊόν της μεγέθυνσης του προσοφθάλμιου φακού και του αντικειμενικού φακού, εξαρτάται από τη μεγεθυμένη αναπαραγωγή στην οθόνη, επομένως το μέγεθος της οθόνης είναι το κλειδί. Επιπλέον, οι φακοί στο οπτικό μικροσκόπιο έχουν σχεδιαστεί για το ανθρώπινο μάτι και όχι για την κάμερα. Εξαιτίας αυτού, ένα ψηφιακό μικροσκόπιο που κατασκευάζεται με την προσάρτηση μιας ψηφιακής φωτογραφικής μηχανής σε ένα οπτικό μικροσκόπιο μπορεί να έχει εικόνα χαμηλότερης ποιότητας από εκείνη που δημιουργείται με ενσωματωμένο ψηφιακό μικροσκόπιο.
Μερικά από τα πιο εξελιγμένα ψηφιακά μικροσκόπια διαθέτουν ενσωματωμένη κάμερα-μικροσκόπιο και πωλούνται με οθόνη. Για παράδειγμα, τέτοια μοντέλα κατασκευάζονται από τη Hirox, την εταιρεία του Τόκιο—τώρα διεθνούς εμβέλειας—που κατασκεύασε το πρώτο ψηφιακό μικροσκόπιο το 1986. Η εφεύρεση των θυρών USB και του Firewire κατέστησε δυνατή τη δημιουργία ενός ψηφιακού μικροσκοπίου που συνδέεται απευθείας με έναν υπολογιστή. και αυτό οδήγησε όχι μόνο σε λιγότερο ακριβά μοντέλα, αλλά και σε μοντέλα παιχνιδιών που κατασκευάζονται για παιδιά. Ιδιαίτερα τα παιδικά μοντέλα μπορεί να διαθέτουν λογισμικό με εφαρμογή για να κάνουν δραστηριότητες με τις εικόνες, όπως να τις κάνουν καρτ ποστάλ ή αφίσες.