În timp ce Linux® și Windows® sunt ambele sisteme de operare concepute pentru a fi utilizate pe un computer personal, există multe diferențe între cele două. Diferența principală dintre Linux® și Windows® este disponibilitatea codului. Linux® funcționează sub Licența Publică GNU, ceea ce înseamnă că codul sursă este accesibil oricui ar trebui să-l examineze sau să-l modifice. O persoană ar trebui să fie cumva conectată la Microsoft, compania care produce Windows®, pentru a vedea codul pentru acel sistem de operare.
O altă diferență cheie între Linux® și Windows® este numărul de versiuni disponibile. Microsoft este singura companie care produce sistemul de operare Windows®, în timp ce mai mulți producători fac versiuni de Linux®. O persoană care decide să instaleze Linux® pe computerul ei poate alege dintre Red Hat, Ubuntu, Debian și o gamă largă de alte companii.
Disponibilitatea actualizărilor variază, de asemenea, între Linux® și Windows®. O nouă versiune de Windows® tinde să apară la fiecare câțiva ani, deoarece Windows 98® a înlocuit Windows 95® și Windows Vista® în 2006 a înlocuit XP®, care a fost lansat în 2001. Noile versiuni de Linux®, cunoscute sub numele de distribuții, tind să iasă semestrial. În loc să achiziționeze un sistem de operare complet nou, un utilizator Linux® poate alege de obicei să descarce și să instaleze noua distribuție din managerul său de actualizări. Instalarea Linux® și noile sale distribuții este de obicei gratuită.
Instalarea noii distribuții din managerul de actualizări păstrează fișierele și preferințele unei persoane. O persoană care folosește Windows® și trebuie să facă upgrade își poate păstra, de obicei, fișierele și datele prin actualizarea de la o versiune la alta. O simplă actualizare nu este întotdeauna posibilă, totuși. În unele cazuri, un utilizator poate avea nevoie să dezinstaleze complet versiunea mai veche de Windows® și apoi să o instaleze pe cea nouă, ceea ce duce la pierderea datelor.
Gestionarea amenințărilor de securitate diferă în Linux® și Windows®. Deoarece Linux® este open source și oricine poate accesa codul pentru a-l repara, problemele de securitate sunt rezolvate și noul cod este lansat mult mai regulat decât pentru Windows®. De obicei, Windows® lansează lunar reparații de erori și corecții de securitate și tinde să dureze mai mult pentru a rezolva problemele. Rata mai lentă de reparare a breșelor de securitate oferă hackerilor și altor persoane cu intenții rău intenționate o fereastră mai mare în care să atace computerele celor nebănuiți.
Linux® și Windows® diferă și prin modul în care prezintă datele utilizatorului. În timp ce ambele sisteme de operare permit utilizatorului să aleagă între o interfață de linie de comandă și ceea ce se numește interfață grafică de utilizator (GUI), interfața de linie de comandă conține doar text și poate fi familiară utilizatorilor Windows® ca MS-DOS. GUI este desktopul, cu pictogramele și imaginile sale, cu care mulți utilizatori de computere sunt familiarizați. Linux® tinde să aibă mai multe opțiuni pentru utilizatorii săi atât pentru GUI, cât și pentru linia de comandă.