Atât programele spion, cât și virușii daunează software-ul sau fișierele cunoscute sub numele de malware, dar sunt răspândite diferit. O diferență importantă între software-ul spion pentru computer și un virus este că programul spion snoops în activitățile computerului, trimițând adesea informații despre utilizator unei terțe părți, în timp ce un virus nu o face. O altă diferență esențială este că, spre deosebire de programele spion, un virus face adesea copii ale lui însuși și încearcă să folosească un computer pentru a răspândi virusul altora. Deși ambele pot afecta negativ funcționarea unui computer, programele spion rareori caută să dăuneze sistemului, în timp ce virușii cauzează adesea daune mult mai durabile.
Spyware și un virus sunt ambele încărcate de obicei pe un computer fără ca utilizatorul să fie conștient și rulează fără știrea sau consimțământul utilizatorului. Modul obișnuit de livrare pentru spyware este într-un pachet cu alte fișiere sau programe pe care utilizatorul de computer alege să le descarce. Spyware-ul se strecoară în sistemul utilizatorului împreună cu materialul dorit. Virușii, însă, sunt răspândiți cel mai adesea ca atașamente la e-mail sau prin mesaje instantanee, deși pot fi ascunși și în materialul descărcat.
Deși ambele pot dăuna unui computer, o altă diferență între spyware și virus se găsește în scopul principal al malware-ului. Programele spion sunt concepute cu scopul de a înregistra activitățile unui utilizator de computer și de a transmite acele informații către o terță parte. Poate urmări obiceiurile unei persoane de utilizare a computerului și poate transmite informațiile agenților de publicitate și altora. O altă utilizare, mai periculoasă, poate fura informații private precum adrese de e-mail, parole, numere de card de credit și alte date personale importante și le poate transmite unui hacker sau hoț de identitate.
Scopul principal al unui virus este să se copieze și să se răspândească. Se va replica adesea de mai multe ori, utilizând astfel resursele computerului și provocând defecțiunea sistemului. O altă tactică comună împotriva virusului este să accesezi agenda de adrese de e-mail a unui utilizator de computer și să trimiți copii ale acesteia la toate adresele. De asemenea, poate încerca să utilizeze alte metode de transmisie în care un computer comunică cu altul, cum ar fi serviciile de partajare a fișierelor și mesageria instantanee. Spyware-ul nu face copii ale lui însuși și nu se transmite către alte computere care utilizează sistemul infectat.
O altă diferență între spyware și un virus implică intenția autorului. Autorul de spyware dorește de obicei să adune informații care vor fi utilizate în diferite scopuri. Spyware-ul are nevoie de un sistem operațional pentru a realiza acest lucru, așa că rareori dăunează computerului, deși utilizează resursele computerului și îl poate face să funcționeze mai lent. Virușii sunt deseori scrisi cu intenții mai distructive și adesea fac sistemele informatice și rețelele inutilizabile. După ce s-au răspândit, virușii cauzează frecvent daune de durată sistemului de operare și hardware.