Există multe specii endemice în Indonezia, un punct fierbinte al biodiversităţii tropicale. Indonezia este o regiune și o țară vastă la nordul Australiei și la sud-estul Asiei de Sud-Est. Este format din 17,508 insule aranjate în arhipelaguri, cele mai mari fiind Noua Guinee, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores și Timor. Noua Guinee, Borneo și Sumatra sunt a doua, a treia și, respectiv, a șasea insulă ca mărime din lume, cuprinzând împreună peste 800,000 de mile pătrate. Izolarea numeroaselor insule ale Indoneziei contribuie la biodiversitatea lor, diferite specii diversificându-se pe fiecare insulă și fiind izolate de prădătorii continentali.
Există două zone zoogeografice principale în Indonezia: Sundaland în vest și Wallacea în est. Acestea sunt împărțite de linia Wallace, o linie imaginară care trece între Borneo și Sulawesi. La vest de linie se găsesc mai ales specii înrudite cu Asia, la est, specii australiene. În total, aproximativ jumătate din Indonezia este nelocuită, în cea mai mare parte ocupată de pădure tropicală.
În Sundaland, există 381 de specii de mamifere native, 173 fiind endemice. În timpul erelor glaciare trecute, nivelul mării în zonă a fost suficient de scăzut încât animalele să poată călători de pe continentul asiatic la insule. Astfel, tigru, rinocer, elefant și leopard pot fi găsite aici. Cea mai faimoasă specie endemică a Indoneziei, urangutanul, poate fi găsită în Borneo și Sumatra, unde formează două specii separate. Aceste mari maimuțe portocalii sunt utilizatori extrem de inteligenți de instrumente, dar sunt puse în pericol de activitatea umană și de distrugerea habitatului. Frumosul tigru de Sumatra, cea mai mică specie de tigru, poate fi găsit în pete ionice deasupra insulei, unde numără doar 500 de indivizi.
Alte două specii endemice în Indonezia sunt rinocerul de Sumatra și Java, două dintre cele mai rare și mai periclitate specii de mamifere mari din lume. Au fost vânați de multă vreme pentru coarnele lor, care au valoare în medicina chineză. Există doar aproximativ 300 de rinoceri de Sumatra și doar 60 de rinoceri din Java. Va fi necesar un efort substanțial de conservare pentru a se asigura că aceste specii își recuperează populațiile. Procesul ar putea dura secole.
Alte specii endemice în Indonezia se găsesc în Wallacea, regiunea de la est de linia Wallace. Wallacea are 126 de specii endemice, inclusiv șapte specii de maimuță macac, cinci specii de tarsier, anoa, un subgen rar de bivoli, și babirusa, un animal asemănător porcului, cu două seturi de coarne curbate. Pe insula Noua Guinee se găsesc specii endemice în Indonezia, precum bizarul Goodfellow’s Tree-cangur, numeroase specii de rozătoare, unele lungi de un picior, frumosul Hornbill Papuan și faimosul Dragon de Komodo, cea mai mare șopârlă vie. Deoarece singurele mamifere placentare native sunt liliecii și șoarecii, alte specii, cum ar fi Dragonul de Komodo, au adoptat nișele care altfel ar fi fost adoptate de placentare mari.