Ciprofloxacina este un antibiotic și ucide doar anumite tipuri de bacterii. Bolile cu transmitere sexuală (BTS) pot fi cauzate de o varietate de infecții, dintre care bacteriile reprezintă doar o parte. Dintre infecțiile bacteriene pe care profesioniștii medicali le-au folosit anterior ciprofloxacina pentru a le trata, unele au devenit rezistente la medicament, așa că pot fi necesare alte antibiotice. Începând cu 2011, chancrodul și granulomul inghinal cu STD tropical sunt considerate tratabile prin medicament.
Când o BTS este cauzată de un virus, ciprofloxacina nu este eficientă. BTS cauzate de virusuri includ herpesul genital, virusul imunodeficienței umane (HIV) și verucile genitale. Virusurile nu răspund de obicei la antibiotice.
Fiecare antibiotic are, de asemenea, moduri specifice de acțiune și, prin urmare, nu poate viza toate speciile bacteriene. De exemplu, chlamydia este cauzată de bacteria Chlamydia trachomatis, pe care ciprofloxacina nu o poate viza. Ciprofloxacina este, de asemenea, ineficientă împotriva limfogranulomului vereneum, care este, de asemenea, cauzat de C. trachomatis.
Alte boli bacteriene pe care ciprofloxacina nu le poate trata includ sifilisul, unde bacteria Treponema pallidum provoacă boala. Vaginoza bacteriană este o altă afecțiune, care poate fi sau nu produsă de o BTS. De asemenea, această afecțiune nu răspunde de obicei la un tratament care include ciprofloxacină. Trichomonaza nu se limpezește nici cu ciprofloxacină, dar în acest caz se datorează faptului că agentul cauzal este un parazit protozoar și nu o bacterie.
Bacteriile pot evolua în timp și pot dezvolta mecanisme de rezistență la un antibiotic, iar ciprofloxacina nu face excepție. Centrele pentru Controlul Bolilor (CDC) din Statele Unite au emis o declarație în 1998 în care indică faptul că ciprofloxacina a fost unul dintre tratamentele eficiente pentru gonoree, dar până în 2010, bacteria care provoacă gonoreea a fost atât de rezistentă la acest medicament încât CDC a recomandat utilizarea altor medicamente, cum ar fi ceftriaxona, în schimb.
Conform recomandărilor CDC din 2010 privind opțiunile de tratament pentru BTS, ciprofloxacina este potrivită numai pentru tratarea chancroidului și a unei boli care apare în principal în țările tropicale numită granulomul inghinal. În cazul acestei boli, bacteria cauzală este Klebsiella granulomatis. Chiar dacă ciprofloxacina, din 2011, poate trata aceste boli, uneori apar probleme.
Cu chancroid, există unele tulpini care sunt rezistente la medicament. În aceste cazuri specifice, alte medicamente, cum ar fi azitromicina, pot fi capabile să trateze cu succes infecția. Granulomul inghinal are și el tendința de a recidiva, chiar dacă tratamentele inițiale cu antibiotice par reușite. Un alt dezavantaj al utilizării ciprofloxacinei pentru BTS este că nu este sigur pentru femeile însărcinate și care alăptează.