În sensul său cel mai general, biotehnologia poate fi folosită pentru a se referi la orice fel de tehnologie care folosește biologia pentru a-și atinge scopul. Aceasta include metode „low-tech” precum altoirea diferitelor plante împreună, adăugarea de drojdie la o băutură pentru a o fermenta în bere sau completarea solului cu organisme pentru a ajuta la gestionarea problemelor dăunătorilor. Într-un sens mai specific, termenul este folosit de obicei pentru a se referi la un nivel superior de mijlocire tehnologică, în special în domeniul agriculturii.
Există patru subdomeni principale ale biotehnologiei în care se încadrează majoritatea implementărilor: verde, albastru, alb și roșu. Biotehnologia verde are legătură cu plantele și creșterea, albastrul are de-a face cu utilizările acvatice ale tehnologiei biologice, albul este folosit în industrie, iar roșul este folosit în scopuri medicale. În timp ce toate cele patru subdomenii au contribuit la o serie de procese valoroase, biotehnologia verde este probabil cea mai utilizată, în timp ce albastrul este încă relativ rar.
Biotehnologia albă, care este uneori denumită și biotehnologia gri, se concentrează în primul rând pe utilizarea organismelor biologice pentru a produce sau manipula lucruri într-un mod care este benefic pentru industrie. Unele bacterii pot fi folosite pentru a trata metale sau materiale plastice, de exemplu, într-un mod care poate fi mai eficient sau mai rentabil decât metodele mai tradiționale. Alții pot fi utilizați pentru a produce în mod activ o substanță chimică sau un compus care să fie utilizat în procesul industrial. O utilizare interesantă a biotehnologiei albe este o modalitate de curățare a unui mediu contaminat prin eliberarea bacteriilor care ajută la descompunerea sau degradarea substanțelor chimice nedorite. Bacteriile care consumă petrol din scurgerile de petrol sunt un exemplu în acest sens.
Biotehnologia roșie este folosită pentru a crea substanțe de uz medical sau pentru a ajuta în mod direct organismul în lupta împotriva unei boli sau afecțiuni. Practica modificării genetice a drojdiilor și bacteriilor pentru a produce medicamente este o utilizare larg răspândită, permițând adesea crearea de medicamente care altfel ar fi imposibil de fabricat. Manipularea genomului unui pacient pentru a vindeca o boală este o altă utilizare relativ nouă a biotehnologiei roșii.
Biotehnologia verde este cu ușurință cea mai veche utilizare a biotehnologiei de către oameni, datând din primele utilizări ale creșterii selective în plante, iar în epoca modernă, este, de asemenea, cea mai aprig contestată zonă de creștere biotehnologică. Modificarea genetică a plantelor pentru a produce efectele dorite – cum ar fi rezistența la un anumit produs chimic sau dăunător sau randamentul crescut al culturii – este utilizată pe scară largă în întreaga lume pentru o serie de culturi, în special culturile alimentare de bază, cum ar fi porumbul, orezul și soia. Mulți susținători cred că organismele modificate genetic (OMG) au potențialul de a fi mult mai prietenoase cu mediul și de a ajuta la rezolvarea crizelor alimentare din întreaga lume. Oponenții cred că aceste culturi alimentare transgenice reprezintă o amenințare pentru biodiversitate și pot prezenta riscuri pentru sănătate.