În electroforeza pe gel, un curent electric este aplicat unei matrice de gel care conține mostre de ADN, ARN sau proteine. Curentul electric face ca moleculele de proteine sau acid nucleic să se deplaseze prin gel, permițând separarea moleculelor de diferite dimensiuni. Această tehnică este utilizată pentru a detecta sau izola molecule de o anumită dimensiune dintr-un amestec de acizi nucleici sau proteine.
Primul pas în protocolul de electroforeză pe gel este plasarea unui bloc de gel într-un rezervor mic. Gelul este făcut dintr-un compus care formează un solid la temperatura camerei și are o sarcină neutră. Rezervorul care deține blocul de gel este apoi umplut cu suficientă soluție tampon specială pentru electroforeză în gel pentru a acoperi complet gelul.
La un capăt al blocului de gel se află o serie de godeuri mici. O cantitate mică de probă de ADN sau proteină este adăugată în fiecare godeu. Fiecare godeu conține o probă experimentală cu un amestec necunoscut de acid nucleic sau proteine. Un godeu suplimentar conține o probă de control cu un amestec de acid nucleic sau proteine de dimensiuni cunoscute. Fiecare probă, inclusiv controlul, a fost amestecată cu un colorant pentru a ajuta la identificarea locațiilor probelor odată ce electroforeza este completă.
Odată ce toate aceste lucrări de configurare au fost finalizate, electroforeza este inițiată prin aplicarea unui curent electric la rezervorul de stocare în care este situat gelul. Curentul electric propulsează moleculele probei prin gel, cu o rată proporțională cu dimensiunea moleculei. Moleculele mai mici călătoresc rapid prin gel, în timp ce cele mai mari călătoresc lent. Pe măsură ce moleculele călătoresc, se separă pe gel în funcție de dimensiunea lor.
Când colorantul colorat ajunge la celălalt capăt al gelului, curentul electric este îndepărtat, iar gelul este colorat cu o soluție care îmbunătățește culoarea colorantului. În cele din urmă, gelul este „citit” prin măsurarea cât de departe a călătorit fiecare moleculă în timpul permis pentru electroforeză. Aceste informații pot fi utilizate pentru a calcula dimensiunea fiecărei molecule din fiecare dintre probe.
Există mai multe tipuri diferite de tehnici experimentale care utilizează electroforeza. Într-un Southern blot, electroforeza pe gel de agaroză este utilizată pentru a izola fragmente de ADN sau ARN. Western blot folosește electroforeza pe gel de poliacrilamidă pentru a izola proteinele dintr-un amestec. Fiecare dintre aceste tehnici este folosită pentru a căuta o anumită secvență predefinită de acid nucleic sau proteine. Tehnicile de electroforeză și blotting sunt utilizate în multe domenii ale cercetării biologice, precum și în științele medicale și criminalistice.