Η κλωνοποίηση φυτών είναι μια μέθοδος πολλαπλασιασμού των φυτών. Οι μέθοδοι κλωνοποίησης χρησιμοποιούν ένα μέρος ενός ώριμου φυτού για να δημιουργήσουν ένα νέο, γενετικά πανομοιότυπο φυτό. Οι συνήθεις μέθοδοι κλωνοποίησης περιλαμβάνουν τη διαίρεση της ρίζας, τα ριζωμένα μοσχεύματα και τον εμβολιασμό. Αυτή η μέθοδος αναπαραγωγής φυτών χρησιμοποιείται από τους κηπουρούς εδώ και χιλιάδες χρόνια. Πολλά φυτά χρησιμοποιούν την αυτοκλωνοποίηση ως πρόσθετη μέθοδο αναπαραγωγής, μαζί με την αυτοσπορά.
Ο πολλαπλασιασμός με κλωνοποίηση φυτών δημιουργεί ένα γενετικά πανομοιότυπο φυτό επειδή εμπλέκεται μόνο ένα μονογονεϊκό φυτό. Αντίθετα, ο πολλαπλασιασμός από σπόρους δημιουργεί γενετικά διαφορετικούς απογόνους. Όταν ένας σπόρος επικονιάζεται, συνδυάζεται γενετικό υλικό από δύο μητρικά φυτά, ή δύο γενετικά διαφορετικές περιοχές του ίδιου φυτού. Όταν ο σπόρος φυτρώσει, το φυτό που προκύπτει είναι παρόμοιο αλλά όχι πανομοιότυπο με τα μητρικά φυτά.
Πολλοί ξυλώδεις θάμνοι και μερικά ποώδη πολυετή φυτά πολλαπλασιάζονται συνήθως με μοσχεύματα βλαστών. Ανάλογα με την εποχή του χρόνου και την ωριμότητα του φυτού που χρησιμοποιείται, η κοπή μίσχου μπορεί να ονομαστεί κοπή μαλακού ξύλου, κοπή σκληρού ξύλου, κοπή ημισκληρού ξύλου ή κοπή ποώδους στελέχους. Μερικά γνωστά φυτά που πολλαπλασιάζονται συνήθως από μοσχεύματα μίσχων περιλαμβάνουν τριαντάφυλλα, ιτιές, αζαλέες, καμέλιες, κισσούς, έλατα και πουρνάρια. Η κλωνοποίηση φυτών με τη μέθοδο κοπής βλαστών χρησιμοποιείται ως αξιόπιστη και συχνά γρήγορη μέθοδος κλωνοποίησης φυτών για υβριδικούς και κοινούς θάμνους κήπου.
Ο πολλαπλασιασμός με εμβολιασμό χρησιμοποιείται συνήθως κατά την καλλιέργεια οπωροφόρων δέντρων. Πολλά οπωροφόρα δέντρα δεν αναπαράγουν πανομοιότυπα, ή ακόμα και παρόμοια, φρούτα όταν φυτεύονται από σπόρους. Αν και οι σπόροι μπορεί να προέρχονται από νόστιμα φρούτα, το δέντρο που θα προκύψει πιθανότατα θα παράγει καρπούς που είναι αρκετά διαφορετικοί ως προς τη γεύση, το μέγεθος και την υφή. Τα κοινά οπωροφόρα δέντρα που πολλαπλασιάζονται με εμβολιασμό περιλαμβάνουν τις μηλιές, τις αχλαδιές, τις κερασιές, τις ροδακινιές, τις δαμασκηνιές, τα περισσότερα εσπεριδοειδή και τα αβοκάντο.
Ο εμβολιασμός είναι μια μέθοδος κλωνοποίησης φυτών που ενώνει το καρποφόρο τμήμα ενός δέντρου στις ρίζες ενός άλλου δέντρου. Ένα νεαρό δέντρο, που συχνά αναπτύσσεται από σπόρους ή μοσχεύματα, χρησιμοποιείται ως υποκείμενο για ένα μόσχευμα από ένα δέντρο που παράγει επιθυμητούς καρπούς. Εάν το μόσχευμα πάρει, το δέντρο που θα προκύψει θα έχει τις ρίζες ενός δέντρου και τα κλαδιά και τους καρπούς ενός άλλου δέντρου. Για να είναι επιτυχημένα, τα περισσότερα μοσχεύματα γίνονται με παρόμοιους τύπους δέντρων – μήλα εμβολιασμένα σε μήλα, αχλάδια και άλλα παρόμοια φρούτα, ενώ τα εσπεριδοειδή είναι καλύτερα να εμβολιάζονται σε άλλα εσπεριδοειδή και το αβοκάντο σε άλλα αβοκάντο.
Η διαίρεση ριζών είναι μια μέθοδος κλωνοποίησης φυτών που χρησιμοποιείται για τον πολλαπλασιασμό ποωδών πολυετών φυτών και βολβών. Το φθινόπωρο ή την άνοιξη, οι ρίζες σκάβονται και χωρίζονται σε τμήματα. Όταν επαναφυτεύεται, κάθε τμήμα δημιουργεί ένα νέο, γενετικά πανομοιότυπο φυτό.
Η διάδοση των βολβών δημιουργεί μετατοπίσεις, ή μικρούς βολβούς που αναπτύσσονται από τον κύριο βολβό. Όταν σκάβονται και ξαναφυτεύονται, τα νέα φυτά είναι κλώνοι του μητρικού φυτού. Μερικά φυτά, όπως η αλόη, η αγαύη και οι μπανάνες, δημιουργούν μετατοπίσεις ή «κουτάβια» πάνω από το έδαφος κοντά στη βάση του μητρικού φυτού. Αυτοί οι μικροί κλώνοι μπορούν να σκαφτούν και να ξαναφυτευτούν.
Τα φυτά κλωνοποιούνται φυσικά όλη την ώρα στην άγρια φύση. Τα πολυετή φυτά στέλνουν υπόγειους ή υπέργειους δρομείς, για παράδειγμα. Οι βολβοί δημιουργούν μετατοπίσεις υπόγεια που αυξάνουν το μέγεθος της φυτικής αποικίας επίσης. Επιπλέον, οι κάκτοι και μερικά παχύφυτα μπορούν να ρίξουν ένα φύλλο στο έδαφος. καθώς το φύλλο απλώνεται εκεί, οι ρίζες σχηματίζονται και σταδιακά μεγαλώνουν σε κλώνο του μητρικού φυτού. Ομοίως, ένας ξυλώδης θάμνος ή δέντρο μπορεί να ρίξει ένα κλαδί που βρίσκεται στο έδαφος και ριζώνει.